对于一般纳税人的工程建设公司来说，选择简易计税方式时，虽然能够开具增值税专用发票并适用简易计税率，但其所涉及的进项税额是无法进行抵扣的。简易计税方式是为了简化税务管理并减少企业的负担，通常适用于一些小规模纳税人或某些特定行业。该方式的核心特点就是简化了税率计算和税款结算的过程，但这也意味着企业在享受简便税务处理的同时，失去了抵扣进项税额的权利。
具体而言，简易计税方式下，企业不需要按照增值税专用发票的进项税额进行抵扣，而是采用一种固定税率来计算应纳税额。例如，对于建筑行业的某些项目，简易计税率可能为9%。虽然企业可以按照此税率开票并缴纳税款，但在纳税过程中无法使用该项目的进项税额进行抵扣，这也意味着不能在税务上“减轻”所支付的增值税负担。
这种税务政策虽然让企业的账务处理变得更加简单，但也有其限制。企业应当评估其适用性和可能的税务影响。如果企业的进项税额较多，那么选择简易计税方式可能不利于税负的减少。在这种情况下，企业可以考虑选择一般计税方式，按标准税率来计算税款，并能够抵扣进项税额。
总结来说，简易计税开票选税率为9%的工程建设公司是无法抵扣进项税额的。因此，在选择税率和税务政策时，企业需要综合考虑其经营规模、行业特点以及进项税额的情况，做出最合适的决策。如果进项税额较大，选择一般计税方式可能会更有利于税务优化。