在南京外贸企业的出口业务中，有时由于特定的交易安排或客户要求，可能不需要开具发票。然而，在申请出口退税的过程中，发票号码的填写是一个必要环节，即使实际上并未开具发票。以下是详细的处理方法和注意事项：
1. 理解退税流程中的发票要求
出口退税流程中，税务机关通常要求企业提供与出口交易相关的发票信息，以便核实交易的真实性和合规性。即使在实际业务中未开具发票，企业仍需在退税申请中按照规定的格式填写相关信息。
2. 填写发票号码的特殊情况处理
在未开具发票的情况下，企业应按照税务机关的具体要求填写发票号码。一般而言，可以使用特定的占位符或默认编码来替代实际的发票号码。例如，可以填写“0000”或其他税务机关认可的编码形式，以表明该笔交易未开具发票。
3. 确保信息的准确性和一致性
在填写退税申请时，企业应确保所有相关信息的准确性和一致性，包括但不限于出口日期、货物描述、金额等。即使发票号码为占位符，其他信息仍需真实、准确地反映实际交易情况，以避免退税申请被拒绝或延误。
4. 咨询当地税务机关
由于不同地区的税务机关可能有不同的具体要求，企业在处理此类情况时，应主动咨询当地的税务部门，了解具体的规定和操作流程。这有助于确保退税申请的顺利进行，避免因信息填写错误而导致的退税失败。
5. 记录保留与后续跟进
企业应妥善保留所有与出口交易和退税申请相关的文件和记录，包括未开具发票的交易记录、退税申请提交的证明材料等。此外，企业还应定期跟进退税申请的审批进度，确保及时完成退税流程，保障企业的资金回笼。
总之，南京外贸企业在出口业务中未开具发票时，申请退税时的发票号码填写需要遵循税务机关的具体要求，通常可以使用特定的占位符或默认编码。同时，企业应确保其他信息的准确性和一致性，并妥善保留相关记录，以顺利通过退税审核。