当企业在某一期间因失联发票抵扣问题导致进项税额已转出，税务管理部门要求调整企业所得税时，企业需要从两个方面进行会计处理。
首先，对当期（即发生问题的会计年度）年报中确认的收入与费用项目进行更正。因抵扣失联发票，相当于企业确认了一笔无票费用，这部分金额应在该会计年度内予以调整，以保证年报数据真实准确。此时，仅需在该年度报表中进行更正，无须对其他同期报表作出额外调整。
其次，若更正后导致上一年度企业所得税需补缴，则在下一会计年度资产负债表期初数中必须反映这部分未曾在前期计提的税款负债。通常，这一调整主要体现在新年度首个季度的报表中，因其为期初余额的重新确定。补税金额应根据前期漏报或错误抵扣情况予以确认，随后在首季度报表中进行调整。值得注意的是，新年度后续各季度的报表则以首季度调整后的期初余额为基础，不需重复调整。
关于滞纳金的问题，如果上一年度因失联发票抵扣问题需补缴企业所得税，则对这部分实际补税金额可能会产生相应的滞纳金。这里的滞纳金是针对税款补缴的罚款，不会因调整资产负债表期初数据而单独计算。换句话说，调整报表数据本身不会导致滞纳金，但如果因更正导致实际补税，则需按照规定缴纳相应的滞纳金。
综上所述，企业在处理此类问题时，应在发生问题的年度内修正年报，并在新会计年度初的报表中反映因补税而产生的税负调整。后续报表只需沿用经调整的期初数据，不需要每个季度都单独更正。此外，滞纳金只针对实际补缴的税款部分产生，与资产负债表期初数的调整无关。这样处理既符合税务调整要求，也能保持会计报表数据的一致性和连续性。