当公司的一位员工曾经是法人代表和股东，但现在仅作为普通员工继续在公司工作时，是否需要清理与该员工之间的往来款项，取决于几个因素。首先，要明确公司与该员工之间的往来款项种类，包括贷款、借款、工资、股东分红等。如果这类款项的金额较小且没有其他特殊事项，一般可以不做特别清理。
1. 往来款项的性质
往来款项通常是指公司与员工或股东之间的资金往来。例如，曾经是股东的员工可能因股东身份享有股息分红或借款，而作为法人代表期间，可能有一些公司与她的债权债务关系。如果这些往来款项与公司的日常经营无关，且金额较小，那么没有必要进行清理，保持原有账目即可。
2. 法人和股东身份的变化
当这位员工不再担任法人或股东后，公司的资金与她之间的关系已经发生变化。如果其股东身份被撤销，则她不再享有股东权益（如分红、股东贷款等），但可能仍需按照原先约定履行某些义务。例如，如果之前她有未清偿的借款或其他经济往来，仍然需要按照合同约定清偿，或者如果公司有相应的债务未结清，也需处理。
3. 款项清理的原则
往来款项是否需要清理，关键是款项余额是否较大，以及是否符合税务或会计处理的规定。如果往来款项的金额较小且不存在严重的不合规问题，公司可选择继续保留这些账目，而无需立即清理。特别是在没有法律和税务上的压力时，清理与否可以视具体情况而定。
然而，如果往来款项较大，或者其中涉及股东贷款、未结清的款项或税务合规问题，那么应及时清理，确保公司账目的准确性与合规性。清理这些款项有助于明确公司与该员工之间的财务关系，并避免可能的法律或税务风险。
4. 税务合规性
即便是小额的往来款项，税务合规也不容忽视。在处理这类款项时，需要确保公司按规定处理相关税务事项。如果该员工曾是股东或法人，可能涉及到资本变动、股东分红等问题，若有未申报的事项，应及时处理，以避免潜在的税务纠纷。
5. 结论
如果与这位员工的往来款项较少且不涉及复杂的财务问题，通常无需进行清理。但若存在较大金额或特殊财务事项，清理和结算应视情况而定。最好的做法是定期检查公司账务，确保所有款项的处理符合法律和税务要求，从而避免未来出现财务问题。