小规模农业公司在将土地从村民手中流转并转租给其他方的过程中，需要遵守相关的税收规定。根据中国税务政策，这类操作涉及的税种主要包括印花税和增值税。以下是这些税种的详细解释：
1. 增值税
增值税是中国对商品和服务增值部分征收的税种。对于小规模纳税人而言，增值税的适用税率通常较低。针对土地租赁业务，具体的税率根据不同情况有所不同。若小规模农业公司将土地转租出去，通常需要缴纳增值税。对于小规模纳税人，增值税税率一般为5%。不过，具体情况可能会因土地流转的性质和相关政策的变化而有所不同，因此建议在实际操作时咨询相关税务机关以确保符合最新的规定。
2. 印花税
印花税是对合同、凭证等文件所附加的一种税收。在土地流转和转租的过程中，若签订了相关的租赁合同，就需要缴纳印花税。印花税的征收标准通常是根据合同金额的一定比例来计算。对于土地租赁合同，印花税的税率一般为0.1%。因此，在签署土地租赁合同时，农业公司需要按合同金额的0.1%缴纳印花税。
3. 其他可能的税费
除了增值税和印花税外，若小规模农业公司涉及到更多的经营活动，如土地转让等，可能还需要考虑其他相关税费。例如，若公司向土地使用者转让土地使用权，可能需要缴纳土地增值税等。这些税费通常与土地交易的具体性质和金额相关。
4. 税务合规提醒
为了确保税务合规，小规模农业公司在进行土地流转和转租时，需保证相关的合同和文件齐全，并且按时申报缴纳相应的税款。税务机关可能会对土地流转及租赁合同进行审查，确保所有税款按规定缴纳。任何漏报或逃税的行为，都可能导致税务罚款或其他法律后果。
5. 总结
总之，小规模农业公司在将土地从村民流转并转租时，主要需要缴纳增值税和印花税。增值税通常为5%，印花税为合同金额的0.1%。为了确保税务合规，公司应根据实际情况缴纳税费，并妥善处理相关合同和文件。此外，如果涉及到其他业务或特殊情况，建议进一步咨询税务专家或相关部门，以获得准确的税务建议。