在我国现行税收管理制度中，纳税人未按规定期限缴纳应纳税款（包括房产税、城镇土地使用税等），在补缴税款时，一般需要同时缴纳滞纳金。滞纳金具有一定的惩戒与补偿性质，旨在促使纳税人按时履行纳税义务，并补偿税款延迟缴纳对财政资金使用所造成的影响。下面对您的情况进行详细说明：
一、滞纳金的征收依据
根据《税收征收管理法》及其实施细则，滞纳金的计提标准为每天按应纳税款金额的万分之五加收，从纳税义务履行期限的次日起，按日累计，直到税款缴清之日止。
二、滞纳金的计算公式
计算公式如下：
滞纳金 = 欠缴税款 × 日加收率 × 欠缴天数
其中：
- 欠缴税款：指实际未在税法规定期限内缴纳的部分，不包括已按时缴纳的金额。
- 日加收率：万分之五，即 0.0005。
- 欠缴天数：从规定缴纳期限次日开始计算，到实际补缴税款当天为止。通常财税实务中，为统一计算，按360天作为全年基数，而非365天。
示例计算：
若欠缴税款为40,000元，滞纳天数按360天年度基准计算，例如欠缴满一年：
滞纳金 = 40,000 × 0.0005 × 360 = 7,200元。
三、已缴纳部分的处理
您补缴滞纳金时，只需针对未按期缴纳的税款部分计算滞纳金。对于已在规定期限内缴纳且足额的部分，不会再产生滞纳金。也就是说，滞纳金只适用于欠付部分，且在欠款补齐之后，停止计算。
四、起止日期的确定
- 起算日：为应纳税款的最后法定缴纳日的次日。
- 终止日：为欠款实际缴清入库之日（包含当天）。
- 中间如果仅补缴了部分欠税，则滞纳金仍需针对剩余未缴部分继续按日计收，直到全部缴清。
五、滞纳金缴纳的注意事项
- 滞纳金与罚款的区别：滞纳金是税收管理的强制性附加负担，属于税款性质；罚款则属于行政处罚，征收依据和程序不同。
- 税务机关代扣：多数情况下，在办理补缴税款时，税务系统会自动计算滞纳金总额并一并扣缴。
- 跨年度计算：如果欠税时间超过一年，滞纳金应按实际天数累计，不会因跨年而中断。
- 提前核算：建议企业在补交税款前，通过电子税务局或前往主管税务机关确认具体的滞纳金数额，避免缴纳不足导致再次产生滞纳金。
总结
您补交的房产税和城镇土地使用税，如果属于延迟缴纳，就必须按照每日万分之五的标准，从逾期的次日起计算，直至全部税款补齐为止。对于已按时缴纳的部分，无需重复计算滞纳金。在计算时，税务机关大多采用360天作为年基数，一年的滞纳金金额 = 欠税 × 0.0005 × 360。通过规范补缴流程，不仅可以消除税务风险，还能避免额外税收成本的进一步增加。