在企业日常工资核算中，有时会出现实际发放的工资低于原先约定的保底工资的情况。如果会计已经按照保底工资金额进行了个税申报及会计计提，就会导致申报金额和实际支付金额不一致，从而需在税务申报和账务中进行更正与调整。具体处理步骤如下：
一、税务申报的调整
- 明确调整依据
个税申报应以员工当月实际取得的工资薪金为依据，不得高于或低于真实发放金额。如果已按保底工资申报，却实际少发工资，需进行申报更正。 - 操作方法
登录“自然人电子税务局（扣缴端）”，找到需要调整的申报期，进入更正申报功能，将申报的收入额更改为实际发放的工资金额，并重新计算个人所得税。系统会自动显示多退少补的结果： - 如果之前多申报收入并多缴个税，员工可退税；
- 如果少缴个税（一般不会发生这种情况，因为实际收入减少），则补缴。
- 更正申报周期
税务规定允许对当年度内的误申报进行更正，因此应尽早调整，避免年度汇算清缴时集中处理，造成员工退税或补税的延迟。
二、会计账务调整
- 调整的必要性
会计制度规定，计提的应付职工薪酬应与实际支付金额保持一致。如果此前按照保底工资计提，就会出现费用计提高于实际支出，需要在账簿中冲减差额。 - 账务处理分录
假设原先按保底工资计提的应付职工薪酬为X元，实际发放为Y元（Y < X），差额为D = X - Y，则冲减分录为：
这样可使应付职工薪酬科目余额与实际发放相符，同时减少当期费用支出。
- 借：应付职工薪酬（差额D）
- 贷：管理费用 / 销售费用 / 制造费用等（根据员工所在部门对应的费用科目）
- 及时调整
如果是多个月份累计产生差额，应逐月或一次性调整。一次性调整可在发现问题的当前月份，将以前多计提的部分全部冲减，但需在附注说明中写明原因，以备审计或税务检查。
三、与员工沟通及留存凭证
- 确保透明度
在调整过程中，应与员工明确沟通实际发放工资与申报工资的差异原因，以免出现个税退税问题引发误解。 - 留存凭证
调整申报时，应保留原工资表、发放记录、银行转账记录和调整后的申报数据截图。这些资料可作为日后税务稽查或审计的依据。
四、预防措施
- 工资核算与申报同步
确保会计部门在申报前，已拿到实际薪资核算表，并与发放数据核对一致。 - 设置内部审核流程
在个税申报和会计计提前进行双重审核，减少因保底工资与实际收入不符导致的错误。 - 及时发现并处理
一旦发现申报金额与实际发放金额不一致，应在当月或最近申报期内纠正，减少后续调整工作量。
五、总结
如果企业实际工资低于保底工资且已按保底工资申报，应分两步处理：
- 税务申报方面：在自然人电子税务局更正申报，将收入金额改为实际工资，系统会自动进行税额调整，多缴可退。
- 会计账务方面：冲减多计提的应付职工薪酬，并减少相应的管理费用或部门费用，使账务数据与实际发放保持一致。
通过同步调整税务和账务，可以保证数据的真实准确，避免税务风险，同时维护员工的利益。