养殖企业在经营过程中，羊粪作为养殖副产物被出售的税务处理，需要从增值税、所得税以及环保和资源综合利用等角度综合分析。首先，我们需要明确羊粪并非主要产品，而是养殖活动中产生的副产品，其属性与商品化农产品不同。
一、增值税层面
根据《增值税暂行条例》及配套政策，自产农产品的销售通常属于免征增值税范围。农产品包括种植业、养殖业、捕捞业等获得的初级产品，如粮食、蔬菜、水果以及家禽、畜牧养殖物的原始产出物。羊粪虽然来源于畜类，但在税务划分中多数被视为“畜禽粪便”，其原始形态未经深加工，因此实践中多地税务机关将其认定为养殖业副产品，享受免征增值税政策。这意味着，若企业直接销售未经深加工的纯羊粪，一般可视为自产农产品销售，不需缴纳增值税。
不过，需要注意的是，如果企业对羊粪进行加工处理，例如发酵、烘干、包装成有机肥或复合肥，并以商品形式在市场上销售，则其性质已经发生变化。此时，税务机关通常会将其认定为化肥或有机肥产品，应按照相应税率计算缴纳增值税。这也正是有些地区税务部门要求缴税的原因——羊粪已被加工形成新产品，不再属于免税的农产品范畴。
二、企业所得税和附加税方面
即使羊粪销售免征增值税，企业仍需在所得税层面对收入进行确认。羊粪销售所得属于企业的经营收入，需并入当期应纳税所得额，按照规定计算企业所得税。若企业属于农业生产经营，可享受减免政策：部分养殖业所得可以不征所得税或享受优惠税率，需根据企业注册类型和经营范围判定。此外，由于增值税免征，不会产生城市维护建设税、教育费附加等附加税。
三、环保与资源利用政策支持
国家鼓励畜禽粪便的综合利用，如生物发酵、生物有机肥生产、生态循环农业建设。若企业将羊粪用于农业综合利用项目，可申请资源综合利用产品的税收优惠。但这些政策须符合相关认定标准，比如达到一定的无害化处理要求或资源利用率标准。
四、税务局要求缴税的可能原因分析
若税务部门要求缴纳税费，应仔细核对企业的经营活动性质——是否为原始粪便出售，还是经过加工处理、包装销售；是否存在票据规范问题或销售对象为非农业用途。同时，不同地区可能在执行口径上存在差异，有的地方将发酵后的羊粪视为商品肥料而征税。
综上所述，如果公司出售的确为养羊过程中自然产生、未经过加工的纯羊粪，且直接销售给种植户用于农业用途，一般可以享受免征增值税政策；若羊粪经过加工、包装或用于非农业领域，则应按相关货物征税。为了确保合规，企业应规范票据开具方式，准确区分原料与商品的性质，并在财务核算中分别归类处理。