在工资个税计算中，选择正确的计税基数是关键的一步。很多企业在工资发放环节，会因存在管理费、工本费等非税项扣除而产生混淆，尤其是对临时工、实习生或未享受社保公积金的员工，往往不清楚应以哪一金额作为“工资所得”。要准确判断，应先明确工资个税的定义及计算逻辑。
一、应纳税所得额的确定原则
个人所得税法规定，工资、薪金所得以个人取得的应发工资为纳税基数。所谓应发工资，是指员工因任职或受雇取得的全部劳动报酬，包括基本工资、津贴、奖金、加班费、绩效提成等，不论性质如何，只要属于劳动所得范畴，均应计入应发额。
在计算个税之前，可以依法扣除的项目主要包括：
- 每月基本减除费用标准（目前为5000元）；
- 应依法缴纳的“三险一金”（社会保险费和住房公积金部分，前提是由员工个人承担并实际缴纳）；
- 特定附加扣除（如赡养老人、子女教育、继续教育等）；
- 以及符合规定的专项附加扣除和依法确认的其他减除项目。
除此之外，企业自行设置的费用扣减（如合同工本费、管理服务费、体检费分摊等），不属于税法认可的扣除项目，不能减少计税基数。
二、按照题中情况分析
假设该员工月工资结构如下：
- 应发工资：7200元
- 未缴社保、公积金
- 公司扣除：合同资料费40元，管理费80元
- 实发工资：7200 - 40 - 80 = 7080元
根据《个人所得税法》规定，个税计算基数仍然应以应发工资7200元为准，而不是实发的7080元。
计算公式如下：
应纳税所得额 = 应发工资 - 基本减除费用（5000元）
= 7200 - 5000 = 2200元。
然后根据当月累计预扣预缴方式，套用相应税率表确定应扣个税额。举例：若适用3%的税率，则个税=2200×3%=66元。
因此，即使公司从工资中另外扣除了工本费和管理费，这些金额不能在税前扣减，而应在个人所得税计算后再代扣。
三、为什么不能将公司扣款从个税基数中剔除
- 扣除项目必须符合法律规定。
工商管理费、服装押金、合同费等费用并未被税法列入可扣除项目，只是企业内部管理行为，不能影响员工应税收入的计算。 - 防止税基被人为压缩。
若允许企业自由扣减各类费用，容易造成“虚假费用名目”规避个税问题。例如，将奖金或补贴名义变更为“管理费”扣除，导致税基减少。 - 保持应税收入与会计账务一致。
企业通常在账面上确认员工工资总额，应与税务申报一致，否则会形成税账不符的风险，影响年终汇算清缴与审计检查。
四、合规操作与风险提示
- 若确实存在合同印制成本或人员管理费用，应当由公司统一承担，计入企业管理费用科目，不可以从员工工资中代扣代缴。
- 如属于个人自愿承担的项目（例如个人购买工装或资料），需在签订劳动合同时明确列示，并确保该金额与工资发放独立处理，以免混淆。
- 建议企业在人事与财务制度中明确“应发工资、代扣项目、应扣税额”的定义，避免员工误解为公司“多扣税”或“漏税”。
五、结论总结
员工个税的计税基数应以全额应发工资为准，而不应以扣除内部费用后的实发工资计算。
因此，在本案例中，即便公司扣除了合同资料费40元和管理费80元，也不能在个税计算时作为减项，应按照7200元计算个人所得税。换言之，个税永远以员工的“应得收入”而非“实得工资”作为标准。这一规定体现了税法“先计算、后代扣”的原则，确保个人所得税征收的完整性与公平性。