在国际贸易的FOB（Free On Board，离岸价）条款下，出口买卖中卖方的履约义务是将货物运输至装运港并完成出口报关，在货物装船之前的运费通常由卖方承担。因此，从工厂到港口的国内段运输属于卖方提供出口所需的物流环节。针对您提到的货代开具6%增值税发票的情况，需要结合增值税税率政策、服务性质判断以及货代业务模式进行综合分析。
一、陆运环节的业务性质
FOB条款下的境内段运输服务属于现代服务业中的物流辅助服务。根据《销售服务、无形资产、不动产注释》（财政部、国家税务总局联合发布），物流辅助服务包括：货运代理、报关报检、仓储理货、集装箱处理、货物跟踪与文件管理等。货代公司承担“揽货、订舱、陆运组织、单证申报”等整个出口物流链环节，具有综合代理性质，因此属于物流辅助服务而非单纯的道路运输服务。
按照增值税政策，
- 道路运输服务适用税率为 9%（小规模为3%），
- 而物流辅助服务适用 6%增值税税率。
由于货代在此过程中不仅仅转交运输任务，还包含组织协调、单证处理、港口对接、结算整合等，具备独立增值服务内容，因此适用6%的增值税税率是合理并符合政策规定的。
二、货代委托第三方承运的情形分析
即便货代公司本身不直接提供运输车辆，而是委托第三方物流公司或车队完成运输，只要其在合同中以综合物流服务提供者的身份对外收取全额费用（即客户支付货代一口价），则货代仍可按“物流辅助服务”开具6%的发票。
原因在于其在业务模式中承担了服务整合、风险控制与对接义务，属于对客户提供的整体一体化物流解决方案，而不仅仅转售运输服务。此时：
- 货代向客户开具6%税率的发票；
- 货代取得第三方运输公司的9%进项发票，可用于抵扣；
- 两种税率并存、税负合理，符合抵扣链条的完整性。
若货代仅代客户垫付运费、未参与运输组织和综合服务，则其行为属于代垫性质，此时需以代垫款列支，不应开具增值税发票，而应转交承运方的原始运输发票给客户。
三、货代开票税率的政策依据
依据《财政部、国家税务总局关于现代服务业有关增值税政策的通知》（财税〔2016〕36号）附件一第三条规定，物流辅助服务包括“货运代理、报关、仓储、装卸、集装箱管理等”，其适用税率为6%。
此外，《国家税务总局货运代理行业增值税征管问题解答》中明确，货代统一对外开具6%发票，不以分项目运输环节税率区别处理。
因此，只要货代在业务过程中体现了代理或物流集成的职能，即使未直接从事运输，也不影响其适用6%增值税税率的合法性。
四、会计与税务处理建议
- 发票认定：企业在取得货代开具的6%专用发票时，可全额抵扣进项税额。
- 成本归类：该费用在出口业务中可计入“销售费用—运费”或直接核减出口收入成本，具体视出口企业的会计政策而定。
- 出口退税衔接：若该笔运费属于FOB报价内成本，出口企业可将其计入成本，不影响出口退税计算基础。
五、总结
综上，货代为出口企业从厂家到港口提供陆运组织、调度及配套代理服务，虽然具体运输由第三方完成，但其对客户提供的是一体化物流辅助服务，按6%税率开具增值税专用发票是符合国家增值税政策的。企业在取得该类发票时可按规定抵扣；但若仅代付运输费、未构成服务提供，则应以代垫方式处理，不可自行开具6%发票。