企业在提供仓储服务并开具相应发票时，确有可能引起税务机关对其业务实质及关联税种，特别是城镇土地使用税缴纳情况的关注与核查。这种核查并非针对发票本身，而是基于“实质重于形式”的税收征管原则，旨在确保企业准确划分业务性质、依法履行全部纳税义务。以下将从核查动因、税务处理要点、风险规避及优惠政策四个方面进行系统阐述。
一、税务机关为何会进行此类核查？
主要原因在于区分“仓储服务”与“不动产经营租赁”两种性质不同的应税行为，并确认其背后的财产税纳税义务。
- 界定业务实质，防止税目混淆：“仓储服务”属于“现代服务—物流辅助服务”，指利用仓库、货场为客户提供货物储存、保管并收取服务费。而“不动产经营租赁”属于“租赁服务”，指将场地、仓库等空间在一定时间内转让给他人使用并收取租金。两者税率可能不同（如一般纳税人仓储服务适用6%，2016年5月1日后取得的不动产租赁适用9%），且成本构成差异大。税务机关需核查企业是否以“仓储服务”之名行“场地租赁”之实，从而正确界定适用税目和税率。
- 履行城镇土地使用税征管职责：无论企业提供的是仓储服务还是场地租赁，只要其实际占用土地（无论是自有或租入），就涉及城镇土地使用税这一财产行为税。税务机关有责任核实土地的实际使用人及纳税情况，确保该税种应收尽收。
二、核心税务处理要点：土地使用税的纳税义务
这是核查的重点。城镇土地使用税的纳税义务人及计税依据如下：
- 纳税义务人：以实际使用土地的单位或个人为纳税人。具体而言：
- 自有土地：拥有土地使用权的企业为纳税人。
- 租入土地：若出租方（土地使用权人）不在土地所在地或土地使用权未确定，则由实际使用人（即承租方，您的公司） 负责缴纳土地使用税。即使合同约定由出租方承担，该约定不能对抗税法规定，若出租方未缴，税务机关有权向实际使用人（您公司）追缴。
- 计税依据与计算：以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，按照所在地税务机关确定的等级税额标准按年计算、分期缴纳。
- 计算公式：年应纳税额 = 实际占用土地面积（平方米）× 适用单位税额（元/平方米）。
- 假设公司仓库实际占用土地面积为5000平方米，当地规定的单位税额为每年每平方米8元，则年应纳税额为：5000平方米 × 8元/平方米 = 40,000元。
三、针对不同用地来源的核查重点与风险提示
税务机关的核查会因企业用地来源不同而有所侧重：
情形一：企业使用自有土地提供仓储服务
- 核查重点：
- 是否已按规定进行土地税源登记，申报的占地面积是否准确。
- 是否按期、足额申报缴纳了城镇土地使用税。
- 是否将仓储用地与办公、生活用地正确区分，分别适用税额（仓储用地可能适用工业用地税额标准）。
- 风险提示：若未申报或申报面积不实，将面临补缴税款、加收滞纳金（每日万分之五）及罚款（少缴税款百分之五十以上五倍以下）。
情形二：企业租入土地或仓库提供仓储服务
- 核查重点：
- 审查土地/仓库租赁合同，确认土地的实际使用人、面积、用途。
- 核实土地使用税的缴纳主体。如前所述，若合同约定或法律规定应由您公司（承租方）缴纳，则必须取得完税凭证。即使约定由出租方缴纳，也应索取其缴纳凭证复印件备查，以防范连带风险。
- 判断是否符合税收优惠政策（如下文所述）。
- 风险提示：最大的风险是“约定不明”或“轻信出租方已缴纳”。务必在合同中明确土地使用税的承担方及缴纳责任，并主动获取完税证明。
四、重要税收优惠政策（物流企业大宗商品仓储用地）
国家为支持物流业发展，出台了阶段性减免政策，企业若符合条件可主动申请享受。
- 政策内容：对物流企业自有的（包括自用和出租）或承租的，专门用于存储大宗商品的仓储设施用地，减按所属土地等级适用税额标准的50%计征城镇土地使用税。执行期限通常为多年，需关注最新政策（例如，2023年1月1日至2027年12月31日）。
- 享受条件（需同时满足）：
- 企业资质：至少从事仓储或运输业务之一，且实行独立核算、独立承担民事责任。
- 面积要求：同一仓储设施占地面积需不低于6000平方米。
- 存储货物类型：主要用于储存粮食、棉花、煤炭等大宗商品（农产品、生产资料、工业原材料等）。
- 用地范围：优惠限于仓储设施（库房、货场、罩棚、道路等）直接占用的土地，不包括办公、生活用地。
- 操作流程：符合条件的企业需进行免税备案或申报享受，并留存不动产权属证明、土地用途证明、租赁协议、仓储业务合同等资料备查。
五、企业合规管理与应对建议
- 业务真实，发票合规：确保“仓储服务”发票内容与实际业务完全一致，即提供了包括保管、安全管理、库存盘点等在内的综合服务，而非单纯提供场地。
- 梳理土地情况，明确纳税义务：全面梳理公司所有经营用地的权属、来源（自有/租入）、面积、用途。与出租方明确土地使用税缴纳责任，并获取相关凭证。
- 按期足额申报：无论是否享受优惠，都应按时进行城镇土地使用税的税源登记和纳税申报。
- 备查资料完整：妥善保管以下资料，以备税务机关核查：
- 土地使用证、不动产权证书（自有土地）。
- 土地/仓库租赁合同及发票（租入土地）。
- 城镇土地使用税完税凭证。
- 符合优惠条件的证明材料（如大宗商品仓储合同、仓库平面图等）。
- 仓储服务合同及作业记录。
总而言之，税务机关对开具仓储服务发票的企业核查土地使用税情况是常规且必要的征管行为。企业应主动厘清自身用地情况，依法履行纳税义务，并积极判断是否符合税收优惠条件，从而实现税务合规与成本优化的平衡。