对于符合条件、从事林木培育和种植的苗木专业合作社，其自产自销项目所得依法免征企业所得税。在申报时系统仍显示税款，通常是由于未在正确的报表栏次中准确申报免税优惠所致。核心操作要点是：必须通过填报《企业所得税年度纳税申报表（A类）》及其特定的附表来完成免税备案，而非简单地修改主表数据。以下为您梳理正确的填报逻辑与步骤。
一、 政策依据与核心概念澄清
首先，需明确两个关键概念，这对正确填报至关重要：
- “不征税收入” vs “所得减免”：这是两个完全不同的税收概念。
- 不征税收入：指不属于企业所得税征税范围的收入，如财政拨款、依法收取的政府性基金等。苗木销售收入不属于此类。
- 所得减免：指本身属于应税所得，但根据税法规定给予减免税优惠。您合作社的苗木种植所得正属于《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十六条规定的“林木的培育和种植”项目所得，适用“所得减免”优惠。
您之前将利润总额填入“减：不征税收入”栏的做法，虽然在数字上可能使税额归零，但属于科目适用错误，不符合政策规定，存在税务风险。 - 优惠方式：该项目所得为免征，即直接减免该部分所得对应的应纳税额。
二、 企业所得税年度申报表正确填报步骤
整个操作需在主表及附表间配合完成。假设您已完成财务报表年报，相关数据已导入或填入申报系统。
第一步：正常填写主表（A100000）前半部分
- 第1-13行，根据您的财务报表（利润表）数据如实填写。这包括营业收入、营业成本、利润总额等。系统自动计算的“应纳税所得额”和“应纳所得税额”此时可能为正数，这是正常现象，请勿在此步骤直接修改。关键操作在后续附表。
第二步：填报《所得减免优惠明细表》（A107020）
此表是申报免税所得的核心。
- 选择优惠项目：在表中找到“一、农、林、牧、渔业项目”下的“（一）免税项目”。进一步选择“3.林木的培育和种植”。
- 填写项目明细：
- 第1列“项目收入”：填写您合作社苗木自产自销的全年累计销售收入总额。
- 第2列“项目成本”：填写与该苗木销售收入直接对应的成本总额。
- 第3列“相关税费”：填写与该项目直接相关的税金及附加。
- 第4列“应分摊期间费用”：根据合理方法（如按收入比例）分摊计算的管理费用、销售费用、财务费用中应由该项目承担的部分。
- 第5列“纳税调整额”：如有针对该项目的特定纳税调整，则填写。
- 第6列“项目所得额”：此栏最重要，系统通常根据公式自动计算：
第6列 = 第1列 - 第2列 - 第3列 - 第4列 + 第5列。此“项目所得额”理论上应近似等于或小于主表中的“利润总额”（如果企业只有此单一业务，则二者相等）。您提到的应填写“利润总额还是营业收入”，准确答案是：通过填写收入、成本、费用后计算出的 “项目所得额”。 - 确定免税金额：将第6列“项目所得额”的金额，填入第7列“减免所得额”。对于免税项目，减免金额就是该项目所得额本身。
第三步：返回主表完成减免
- 主表第17行“减：所得减免”的数据，将自动从附表A107020的第7列合计金额中抓取。
- 当主表第19行“纳税调整后所得”减去第17行“所得减免”后，第23行“应纳税所得额”将变为0或负数（负数按0处理）。
- 最终，第24行“应纳税额”和第25行“减免所得税额”将自动计算，结果应为0。
三、 常见问题与注意事项
- 数据自动带入与修改：申报系统虽有数据自动带入功能，但免税优惠不会自动识别，必须由纳税人主动填报附表A107020来触发。对于自动带入的错误数据，您有权也有义务进行更正。
- 收入与成本的匹配：必须确保填报在A107020表中的项目成本、费用与收入相匹配，能够清晰核算该免税项目的单独所得。这是享受税收优惠的基本管理要求。
- 备查资料：合作社需自行保管好证明苗木为自产自销的相关资料，如林木种植记录、采购生产资料凭证、销售合同或流水等，以备税务机关后续核查。
总结，正确做法是：在如实填报利润数据后，通过**《所得减免优惠明细表》（A107020）** 申报“林木的培育和种植”项目的免税所得。在该表中准确核算该项目的收入、成本、费用，得出“项目所得额”并填入“减免所得额”，系统即可自动完成主表中的减免计算，实现合法合规的零税负申报。直接在主表“不征税收入”栏冲减的做法应予纠正。