当企业作为一般纳税人，对已认证抵扣的增值税专用发票进行冲红并重新开具，且新发票金额（及税额）小于原发票时，其税务与会计处理需严格遵循国家税务总局关于增值税发票管理及进项税额转出的相关规定。核心原则是：必须对原发票对应的全部进项税额进行转出，然后依据新开具的正确发票重新确认可抵扣的进项税额，而非仅就差额部分进行调整。
一、 处理原则与法规依据
此操作本质上是更正前期错误或变动的交易。根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》等相关规定，购买方取得销售方开具的红字增值税专用发票后，应暂依红字发票注明的增值税税额冲减当期进项税额。这意味着：
- 全额转出义务：无论重开发票的金额如何变化，只要原发票被合法冲红（作废），其已抵扣的进项税额便失去了合法扣税凭证支持，必须全额从当期进项税额中减除。
- 重新确认权利：取得重新开具的正确蓝字发票后，可按其注明的增值税税额，在规定的认证或勾选期内重新申报抵扣。
因此，最终影响当期应纳税额的是两次操作后的净额：即新发票税额 - 原发票税额。由于新发票税额较小，这个净额为负数，相当于企业需要补缴这部分税款差额。
二、 分步会计处理流程（示例）
假设企业于2025年7月收到并认证抵扣一张增值税专用发票，注明货款85,000元，增值税税额11,050元，价税合计96,050元。该批材料已全部领用并计入生产成本。2026年1月，因价格调整，该发票被冲红，并重新开具一张新发票，新发票注明货款80,000元，增值税税额10,400元，价税合计90,400元。
第一步：2026年1月，收到红字发票（负数发票），进行进项税额转出
根据红字发票信息，企业需将原抵扣的11,050元进项税额全部转出。由于对应原材料已消耗，应相应增加当期成本或费用。借：主营业务成本（或：库存商品等相应成本费用科目） 11,050贷：应交税费—应交增值税（进项税额转出） 11,050
此分录确保原进项税额被全额冲回，并相应调整了损益。
第二步：2026年1月，收到重新开具的正确蓝字发票，重新认证抵扣
根据新发票，确认可抵扣的进项税额为10,400元。借：原材料（或：库存商品等） 80,000借：应交税费—应交增值税（进项税额） 10,400贷：应付账款（或：银行存款等） 90,400
此分录按新发票金额重新确认资产和进项税。
第三步：处理两次操作的净影响（综合结果）
上述两笔分录的净影响是：
- “应交税费—应交增值税（进项税额）”借方增加10,400元。
- “应交税费—应交增值税（进项税额转出）”贷方增加11,050元。
- 成本费用净增加650元（11,050 - 10,400），这实质上是因价格下调而应冲减的成本未能完全抵销进项税转出影响的部分，最终体现为需要多缴纳的增值税对应的成本增加。
三、 操作要点与常见误区
- 切勿仅调整差额：绝对不能在“进项税额转出”科目中仅记录差额650元（11,050 - 10,400）。正确的申报表逻辑是：在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》中，红字发票信息填入第20栏“红字专用发票信息表注明的进项税额”（金额11,050元）；新蓝字发票信息仍填入第1、2栏“认证相符的增值税专用发票”中（金额10,400元）。系统会自动计算净影响。
- 账务与申报一致性：务必确保会计账上“进项税额转出”科目的发生额与增值税申报表中填写的红字发票转出金额完全一致，这是税务稽查的重点关注项目。
- 成本调整的合理性：进项税转出导致成本增加的会计科目，应根据原发票对应的存货或成本费用当前状态确定。如果存货尚未结转成本，可调整存货价值；如果已结转，则调整当期主营业务成本或相关费用。
四、 特殊情形与风险提示
- 跨年处理：如本例发生在次年，该调整不影响上年度的汇算清缴，但会计上通常通过“以前年度损益调整”科目处理成本费用的变动，进而调整期初留存收益。
- 部分冲红：如果交易是部分退款或折扣，可能适用“销售折让”开具红字发票，其处理逻辑与全额冲红重开类似，仍需按红字发票注明的税额全额转出部分进项。
- 票据管理：必须将《开具红字增值税专用发票信息表》、红字发票、重新开具的蓝字发票以及相关合同变更协议作为一套完整的原始凭证归档保管，以备查验。
总结，面对已抵扣发票冲红重开且金额调减的情况，企业必须履行全额转出原进项、重新抵扣新进项的法定程序。会计处理上需同步调整相关资产或成本，确保账实相符、税会一致。任何简化差额处理的做法都可能引发税务申报数据异常，带来合规风险。