对于私立医疗机构而言，电子发票税率栏是否填写“免税”，确实是一个关键且普遍的实操问题。答案的核心在于您的医疗服务行为是否属于国家规定的免税项目，这与是否接入医保结算系统并无直接关联。以下将从政策依据、具体判定条件及开票实操要点进行系统阐述。
一、 政策依据与基本原则
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第（七）款明确规定：医疗机构提供的医疗服务免征增值税。这里的“医疗服务”有明确的政策定义，并非所有在医疗机构内发生的收费都天然免税。
二、 享受免税政策的核心条件
判定医疗服务能否免税，需同时满足以下三个条件，三者缺一不可：
- 服务提供主体合格：指依据《医疗机构管理条例》及其实施细则取得《医疗机构执业许可证》的机构。您的私立门诊只要合法持有该证照，即满足主体条件。
- 服务内容在规范目录内：提供的医疗服务项目必须被收录在《全国医疗服务价格项目规范》之内。该规范是国家级目录，涵盖了诊疗、护理、检查、手术、康复等各类医疗技术劳务项目。例如，挂号费、诊查费、常规检查费、注射费等常规项目均在此列。但需要注意的是，售卖药品、医疗器械（所有权转移）、营养保健食品、提供非医疗性质的场地租赁或生活服务等，不属于免税范围，应按照相应税率（如小规模纳税人通常为1%或3%）申报纳税。
- 服务价格符合规定：提供上述目录内服务时，其价格（收费标准）需按照所在地省级价格主管部门会同同级卫生计生、人力资源社会保障部门制定的价格政策执行。这意味着，即使是市场调节价项目，也需在备案或批准的定价范围内。
三、 与医保报销关系的澄清
是否与医保经办机构签订服务协议、是否实现医保即时结算，并不影响免税资格的判定。免税政策惠及的是符合上述条件的“医疗服务行为”本身，旨在降低基本医疗服务的税收成本。无论患者是自费、使用商业保险还是通过医保报销，只要医疗机构提供的服务本身符合“主体、目录、价格”三要素，即应享受增值税免税政策。因此，您门诊未参与医保报销，完全不构成申请免税的障碍。
四、 开票实操要点与建议
- 税率栏选择：在确认所提供的服务满足全部免税条件后，通过增值税发票开票软件开具增值税电子普通发票时，在“税率”或“征收率”栏目应明确选择“免税”，税率栏显示“免税”，税额栏显示“***”或“0”。
- 发票内容开具：货物或应税劳务、服务名称栏应规范填写具体的医疗服务项目名称，如“诊查费”、“治疗费”、“化验费”等，确保清晰可辨。
- 内部管理建议：强烈建议门诊建立健全财务核算制度，将免税的医疗服务收入与应税收入（如售药收入）分别进行明细核算。对于兼营免税和应税项目的，若未能准确分开核算，根据规定，可能无法享受免税优惠。定期对照《全国医疗服务价格项目规范》梳理服务项目，确保开票合规。
总结：贵门诊自26年2月起开具电子发票，若所对应的收入源于《全国医疗服务价格项目规范》目录内、且按政府规定定价提供的医疗服务，则完全符合增值税免税条件，税率栏应选择“免税”。重点在于严格审视服务内容的合规性，而非是否连通医保。