将一家有限责任公司的股东结构从两位变更为一位，其法律本质是公司法人股东（转让方）将其持有的全部股权，转让给另一位自然人（受让方）股东，从而使公司变更为一人有限责任公司。此过程需严格遵守“先税务，后工商”的法定程序，并可能涉及多项税费。整个流程既包含线上环节，也需线下配合，以下将分阶段详细说明。
一、 核心流程概览：三个阶段
本次股权变更需依次完成税务处理、工商变更、后续备案三个阶段。总体流程为：内部决议 → 税务申报与完税 → 工商变更登记 → 更新银行与印章。
二、 第一阶段：税务变更登记与完税（关键与前置步骤）
这是启动整个变更流程的首要且强制性步骤。根据国家税务总局公告2021年第69号规定，市场监督管理部门在办理股权变更登记前，需查验相关的个人所得税、企业所得税、印花税等完税凭证。
1. 主要涉税税种与计算：
- 企业所得税：由于转让方是公司，其股权转让所得需计入当期应纳税所得额，依法缴纳企业所得税。计算公式为：股权转让所得 = 股权转让收入 - 股权原值（投资成本） - 合理费用（如印花税、中介费）。该所得并入公司当季或当年利润，适用25%的标准税率（或符合条件的小型微利企业优惠税率）计缴。
- 印花税：转让方与受让方双方均需按产权转移书据税目缴纳印花税。计税依据为股权转让协议所列金额（通常与转让收入一致），税率为万分之五。应纳税额 = 转让金额 × 0.05%。双方需各自完成申报缴纳。
2. 税务办理步骤：
- 材料准备：股权转让协议（需明确转让价格、支付方式等）、股东会决议、公司章程修正案或新章程、转让方与受让方的身份证明文件、被投资企业上期财务报表、股权原值证明等。
- 办理方式：目前，股权转让个人所得税及印花税的申报已普遍支持通过电子税务局在线办理。企业需登录所在地的电子税务局，找到“股权转让”或“事项办理”相关模块，在线填报《财产和行为税纳税申报表》、《企业所得税申报表》等，并上传上述材料的扫描件。税务机关在线审核后，生成应缴税款信息，企业在线完成税费缴纳后，可获取或下载《自然人股权变更登记完税情况表》等电子完税证明。部分地区可能仍需现场提交纸质资料进行审核。
三、 第二阶段：市场监督管理局（工商）变更登记
在取得税务完税证明后，方可向公司登记机关申请工商变更登记。
1. 变更内容：
- 公司类型由“有限责任公司（自然人投资或控股）”变更为“有限责任公司（自然人独资）”。
- 股东及出资情况更新为仅剩一位股东及其认缴、实缴出资额。
- 修订公司章程（需明确为一人有限责任公司章程）。
2. 办理方式：
- 线上提交：全国范围内主要通过“国家企业信用信息公示系统”或各省市政务服务网的“企业开办/注销一窗通”平台进行线上提交。申请人需在线填写《公司变更登记申请书》，上传新章程、股东决定（因一人公司不设股东会，由独资股东作出决定）、股权转让协议、完税证明、营业执照正副本等材料的电子文件。
- 审核与领照：登记机关在线审核通过后，会通知企业寄交或现场提交旧营业执照正副本原件，以换发新的营业执照。部分省市已实现电子营业执照的实时更新。
四、 第三阶段：后续重要事项备案与更新
取得新营业执照并非流程终点，以下事项必须同步完成：
- 税务登记信息变更：在工商变更后，需及时向主管税务机关办理税务登记信息变更，更新股东信息。此步骤通常也可在电子税务局线上完成。
- 银行账户信息变更：携带新营业执照、公司章程、法人身份证等资料，前往基本户开户银行办理预留印鉴变更及股东信息更新。
- 印章重刻（选择性）：因公司类型发生变化，公章、财务章等是否需因股东变更而重刻，各地规定不一，可咨询当地公安部门指定刻章点。
五、 关键注意事项与风险提示
- 定价的合规性：股权转让收入需遵循“公允价值”原则。若转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关有权进行核定。用于税务申报的转让协议价格应与实际资金流一致。
- 一人有限责任公司的特殊规定：变更完成后，公司将成为一人有限公司。根据《公司法》，一个自然人只能投资设立一个一人有限责任公司，且该一人公司不能投资设立新的一人有限公司。同时，股东需注意财产独立的证明义务，避免与公司财产混同，否则可能对公司债务承担连带责任。
- 材料的真实性与一致性：确保在所有环节（税务、工商）提交的协议、决议、章程等核心文件中的关键信息（如转让价格、股东签字等）完全一致，避免因文件矛盾导致流程停滞。
总结，将两股东公司变更为一人有限公司，是一项标准的股权转让操作，但流程严谨且环环相扣。核心在于通过电子税务局完成税务申报并获取完税凭证，随后通过线上企业登记平台完成工商变更。转让方为公司法人时，需重点关注企业所得税的准确计算与申报。建议在操作前与主管税务机关及市场监督管理部门进行初步沟通，确认地方性具体要求，确保流程高效、合规完成。