在涉及海关特殊监管区域（如综合保税区）的货物销售中，税务处理常因报关主体、区内企业性质等因素而有所不同。针对您公司的情况：销售货物给高新综合保税区内企业，购买方自行报关进区，我方仅负责送货并填写保税区货物登记表，最终未取得出口报关单。结合后续追问中确认购买方为增值税一般纳税人，现将相关税务处理及操作要点详细说明如下。
一、政策背景：综合保税区的税收管理原则
根据《财政部 海关总署 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》（财税〔2012〕39号）等规定，货物从境内进入综合保税区等海关特殊监管区域，通常视同出口，适用增值税退（免）税政策。但享受退税需同时满足两个核心条件：
- 货物实际报关进入保税区，并有海关签发的出口货物报关单（进境备案清单）；
- 出口企业自身办理报关手续，或委托报关行以出口企业名义报关，确保报关单上的发货单位为该出口企业。
若由购买方（区内企业）报关进区，则出口企业无法取得以自身为发货单位的报关单，从而无法申请退税。
二、您公司业务的税务定性分析
1. 关键影响因素
- 报关主体：购买方自行报关，您公司未参与报关，因此无法获取出口报关单这一退税必备凭证。
- 购买方身份：对方为增值税一般纳税人，且位于保税区内。若该企业属于“增值税一般纳税人资格试点”的综保区企业，则其从区外购进货物可凭增值税专用发票抵扣进项税额，此时区外销售方需按内销征税并开具专票。
2. 政策依据
《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第24号）规定，出口企业申报退（免）税需提供出口货物报关单。无报关单则无法办理退税。
同时，根据《国家税务总局关于调整完善外贸综合服务企业办理出口货物退（免）税有关事项的公告》（国家税务总局公告2017年第35号）及相关综保区试点政策，对区内一般纳税人企业从区外购进的货物，允许其凭增值税专用发票抵扣进项，区外企业销售时按内销征税。
3. 结论
您公司的这笔交易应按内销处理，不能享受出口退（免）税，需向对方开具增值税专用发票（税率适用货物法定税率，如13%），并按规定申报缴纳增值税。
三、具体操作指引
1. 发票开具
- 票种：增值税专用发票。
- 税率：根据货物类型确定，一般货物为13%（若为农产品等低税率商品，按9%）。
- 备注栏：建议注明“销售至高新综合保税区XX公司，由对方自行报关进区”，以备税务核查。
- 依据：无需取得出口报关单，仅凭购销合同、送货单、保税区货物登记表及对方提供的进区证明（如海关进境备案清单复印件）即可作为开票依据。
2. 账务处理
- 确认收入：借记“应收账款”，贷记“主营业务收入”“应交税费—应交增值税（销项税额）”。
- 结转成本：正常结转销售成本。
- 留存凭证：保管好保税区货物登记表、对方提供的进区报关单复印件、运输单据等，证明货物已进入保税区，避免被误认为内销货物未实际交付。
3. 税务申报
在增值税纳税申报表中，将销售额填入“按适用税率计税销售额”栏，销项税额正常申报。无需填写出口退税相关表单。
四、为何不能按“视同出口”处理？
- 无出口资质要求：若您公司未办理出口退（免）税备案，本身就不具备退税资格。即便备案，也需提供报关单。
- 报关主体不符：退税要求报关单上的“发货单位”与申报退税企业一致。由购买方报关，报关单发货单位是购买方或其代理，您公司无法获得该凭证。
- 区内企业性质：若对方为非试点一般纳税人，理论上您可尝试以自己名义报关（委托报关行），但实际操作中由买方报关且货物已进区，再补办以卖方为发货单位的报关单几乎不可能。
五、如何区分出口与内销的实操要点
- 确认报关主体：签订合同时明确报关责任方。若希望享受退税，必须在合同中约定由卖方负责报关，并取得以卖方为发货单位的报关单。
- 核实区内企业类型：查询对方是否为一般纳税人试点企业。可通过当地海关或税务部门了解综保区试点名单。试点企业通常要求区外销售方开具专票，按内销征税。
- 关注货物性质：若销售的是生活消费品或非生产用交通运输工具，即使报关进区也不适用退税，一律按内销征税。
- 保留完整证据链：无论按出口还是内销，均需保存货物进区的海关记录（如进境备案清单）、运输单据、收款凭证等，以应对税务稽查。
六、常见误区提醒
- 误区一：认为货物进入保税区就自动视同出口，可享受零税率。实际上，退税需以卖方名义报关并取得报关单。
- 误区二：混淆“视同出口”与“免税”。视同出口可能享受退税（即零税率，并退还进项税），而内销征税则按适用税率缴纳销项税。
- 误区三：忽视区内企业试点资格。若对方为试点一般纳税人，即使卖方报关，也可能被要求按内销处理（需根据当地政策具体判断）。建议提前与主管税务机关沟通。
七、总结
向综合保税区内企业销售货物，是否按出口退税处理，核心在于报关主体和区内企业性质。在购买方自行报关且为一般纳税人试点企业的情况下，交易应定性为内销，开具增值税专用发票并按章纳税。建议企业在签订合同时明确税务处理方式，避免后续风险。