农产品进项税额的加计扣除政策是增值税体系中的一项特殊安排，旨在鼓励农产品深加工。你提到的“领用阶段加抵1%”在特定时期确曾执行，但根据最新政策规定，该政策已到期且未延续。以下结合现行《增值税暂行条例》及最新公告，详细解析农产品进项税额抵扣规则及加计扣除的演变。
一、核心结论：加计1%政策已到期，目前按9%统一扣除
根据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条规定，纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。这一政策曾允许深加工企业在生产领用时加计1%（即从9%提高到10%）。
然而，该政策执行至2021年12月31日止。后续虽有《财政部 税务总局关于延长部分税收优惠政策执行期限的公告》（财政部 税务总局公告2021年第6号）等文件延续了部分增值税优惠，但农产品深加工加计1%扣除政策未在延续名单之列。因此，自2022年1月1日起，企业购进农产品用于生产13%税率货物，不再享受加计扣除，统一按9%的扣除率计算进项税额。
二、现行农产品进项税额抵扣规则
目前，企业取得农产品发票后，进项税额抵扣分为以下情形：
- 取得一般纳税人开具的增值税专用发票
以发票上注明的税额（9%）为进项税额，直接抵扣。若用于生产13%货物，仍按9%抵扣，无加计。 - 取得海关进口增值税专用缴款书
以缴款书上注明的税额为进项税额，同样按9%抵扣。 - 取得农产品收购发票或销售发票
- 从农业生产者自产自销：取得免税的增值税普通发票（或自行开具的收购发票），按发票金额（买价）乘以9%计算进项税额。例如，购进农产品支付100万元，可抵扣进项税=100×9%=9万元。
- 从流通环节小规模纳税人：取得3%征收率的增值税专用发票，可按发票上注明的金额乘以9%计算抵扣（即票面税额为3%，但允许计算抵扣9%，差额部分体现为政策优惠）。
- 用于生产13%税率货物
无论上述哪种方式，均按9%计算抵扣，不再额外加计1%。
三、政策变化对企业税负的影响
假设某食品加工企业2026年购进农产品1000万元（含税，自产自销免税发票），用于生产13%的饼干。按原政策（假设仍在执行）：
- 购进时抵扣9%：1000×9%=90万元
- 领用时加计1%：再抵扣1000×1%=10万元，合计抵扣100万元。
按现行政策（无加计）：
- 仅抵扣90万元，少抵扣10万元，直接增加当期增值税负担10万元。
因此，该政策到期对深加工企业影响显著，企业需重新测算税负成本，合理定价。
四、实务操作与申报填写
- 申报表填写
在增值税一般纳税人申报表附列资料（二）中： - 第6栏“农产品收购发票或者销售发票”：填写按9%计算抵扣的金额。
- 若存在从小规模纳税人处取得3%专票并计算抵扣的情形，也填入此栏。
- 不再填写原第8a栏“加计扣除农产品进项税额”（该栏次在部分地区申报表中已取消）。
- 发票管理
- 自产自销农产品免税发票：需留存农业生产者身份证明、自产证明等备查。
- 收购发票：需按规定申请核定并开具，严禁虚开。
五、常见误区与风险提示
- 误区一：误以为政策仍在执行
部分财务人员仍沿用旧规，在领用环节加计抵扣，导致少缴税款，被税务机关查补并加收滞纳金。 - 误区二：混淆“加计扣除”与“加计抵减”
“加计扣除”指农产品进项税计算时的特殊规则；而“加计抵减”是生产、生活性服务业纳税人按当期可抵扣进项税额加计10%或15%抵减应纳税额，两者完全不同。 - 风险提示：若企业此前已享受加计扣除但政策已到期，需自查2022年后的申报记录，及时更正并补税。例如，2026年3月若仍按10%抵扣，应在发现当月的申报表中调整，补缴差额税款及滞纳金。
六、总结
2026年，企业购进农产品用于生产13%税率货物，只能按9%扣除率计算进项税额，原加计1%政策已到期失效。建议财务人员及时更新知识库，准确适用现行政策，并在申报时严格按9%计算抵扣，避免税务风险。若对特定农产品抵扣有疑问，可查阅《增值税暂行条例实施细则》或咨询主管税务机关。