针对您提出的年度企业所得税汇算清缴中存货盘亏、进项税额转出以及诉讼费扣除的三个具体问题，现结合现行税收规定，按不同业务场景分别给出清晰、结构化的处理指南。
一、存货盘亏的汇算清缴申报（分三种情形）
情形1：盘亏损失已履行内部审批并转入当期损益
如果企业已取得内部审批文件（如总经理批准的盘亏报告），并已将存货盘亏金额从“待处理财产损溢”转入“管理费用”或“营业外支出”，那么该损失符合税前扣除条件。需要在年度汇算清缴时：
- 必填表格：《A105090 资产损失税前扣除及纳税调整明细表》
- 具体行次：第7行“存货盘亏、报废、损毁、变质或被盗损失”
- 填报内容：账载金额（会计上计入损益的盘亏金额）、税收金额（符合税法规定的损失金额，一般与账载一致）、纳税调整金额（通常为零，如果账载与税收无差异）。
- 注意事项：根据国家税务总局公告2011年第25号，存货盘亏损失应提供以下内部证据：存货盘点表、盘亏情况说明、责任人赔偿认定（如有）、内部审批文件等。缺少内部审批，即使已转损益，也可能被纳税调增。
情形2：盘亏损失已挂账但未转入损益（内部审批未完成）
如您所述，盘亏后一直挂账在“以前年度损益调整”或“待处理财产损溢”科目，未转入当期损益（未计入管理费用或营业外支出）。此时，该笔损失并未减少当年会计利润，因此：
- 无需填报A105090资产损失表，因为会计上未确认损失，税务上也不允许扣除。
- 无需做纳税调增或调减——因为会计利润未受影响，纳税调整的基础不存在。
- 后续处理建议：等内部审批完成后，再将挂账金额转入损益，并在损失实际确认年度的汇算清缴中填报资产损失表申报扣除。注意：如果跨年度审批，损失扣除年度应为实际转入损益的年度，而非盘亏发现的年度。
情形3：盘亏已转损益但缺少内部审批
如果会计上已转入损益（比如直接借记“管理费用”），但尚未取得老板或管理层的审批文件，不符合税法对资产损失证据的要求。汇算清缴时应当：
- 纳税调增：在A105000《纳税调整项目明细表》第30行“其他”栏次填报调增金额，而不是填A105090。
- 原因：税局要求损失必须提供充分证据，无审批即调增，待日后补全手续后可追索调整（需在五年内）。
二、盘亏对应的进项税额转出处理
当存货盘亏时，根据《增值税暂行条例实施细则》第二十四条，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务，其进项税额不得抵扣，已抵扣的应做进项税额转出。税额转出金额通常等于盘亏存货账面价值对应的进项税率计算得出（例如盘亏存货不含税成本48,560.37元，适用13%税率，则进项税额转出=48,560.37×13%=6,312.85元）。会计上一般分录为：
借：待处理财产损溢 6,312.85
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出） 6,312.85
最终该转出金额会随盘亏损失一起转入当期损益（如管理费用）。在汇算清缴时：
- 如果盘亏损失已转损益且符合扣除条件：该进项税额转出金额作为损失的一部分，可以在税前扣除。填报A105090时，损失金额应包含存货原值及转出的进项税额。
- 如果盘亏损失未转损益：进项税额转出已计入待处理财产损溢，由于损失整体未计入损益，该转出额同样不影响当期会计利润，税务处理上不需要单独考虑，待损失最终转入损益时一并处理。
- 注意：不要将进项税额转出单独在纳税申报表“进项税额转出”栏次中做税务调整，它只是增值税处理，企业所得税上应合并计入资产损失金额。
三、法院诉讼费电子凭证的税前扣除
您提到的法院诉讼费，若已取得法院开具的电子诉讼费票据（即《人民法院诉讼费专用票据》电子版），该票据属于合法的税前扣除凭证。根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号），电子凭证与纸质凭证具有同等法律效力。因此：
- 不需要在汇算清缴中做任何纳税调整，直接按正常费用扣除即可。
- 填报时，将其计入A104000《期间费用明细表》的“诉讼费”或“其他”栏次（若表格无单独诉讼费栏，可放入“法律顾问费”或“其他”）。
- 若企业未将该笔诉讼费计入当期损益（比如挂账预付账款），则同样不涉及纳税调整。
四、综合实务建议
- 存货盘亏：未审批未转损益——不填资产损失表，不调增；已转损益但无审批——调增；已转且有审批——填A105090第7行正常申报扣除。
- 进项税额转出：随盘亏损失一同处理，不单独调税。
- 诉讼费电子凭证：可直接税前扣除，无需额外调整。
为了规避税务风险，建议企业尽快完成存货盘亏的内部审批流程，并将挂账的“以前年度损益调整”余额结转至当期损益，确保损失在正确年度扣除。同时，所有盘亏相关资料（盘点表、审批单、责任人说明、进项转出计算表）应归档备查。