根据相关规定，2025年的业务在2026年补开发票是允许的，但需要根据2025年申报时是否已将该笔收入作为“未开票收入”申报，分两种情形进行不同的税务和账务处理。同时，企业不能简单拒绝客户的开票要求，否则可能面临客户投诉甚至税务处罚的风险。
一、去年申报时已作为“未开票收入”申报增值税（最常见情形）
这是最规范的操作路径，处理也最为简便。
（一）税务处理：先冲回、再开票
根据规定，增值税纳税义务发生时间为纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天。2025年已确认收入并申报，符合该规定，因此2026年补开发票属于“补票”行为，不产生新的纳税义务。
操作时，应在2026年6月所属期（7月申报期）进行如下处理：
- 申报冲减：在《增值税及附加税费申报表》附列资料（一）中，将对应销售额填列在“开具增值税专用发票”或“开具其他发票”栏次，同时在“未开具发票”栏次填写负数进行冲减。填表时应注意正负数的对应关系：在“未开具发票”列填写负数，同时在“开具发票”列填写正数，确保总销售额不变。
- 系统提示处理：申报系统可能会弹出比对异常提示（如“本期销售额与上期不一致”），此时需向税务机关提交《未开具发票冲减说明》，说明该笔业务已在2025年申报、本次仅为补开票、不产生新增税款，经税务人员核实后即可通过申报。
（二）账务处理：不影响当期损益
由于收入已在2025年确认，2026年补开发票不涉及损益类科目的调整。仅需在补开发票当月做一笔“备查登记”，或在摘要中注明“补开2025年12月XX业务发票”，无需编制正式的会计凭证，即不需做账。如果企业有发票管理台账，可在台账中备注“补开”字样，便于后续核查。
（三）开具发票的注意事项
- 税率：应按2025年业务发生时的适用税率开具，而非2026年的税率。例如，2025年业务适用13%税率，则补开时发票税率仍为13%，不因当前政策变化而改变。
- 品名和金额：应与2025年已确认的收入金额及货物名称一致，不得随意变更。
- 备注栏：建议在发票备注栏注明“补开2025年X月X日业务”字样，便于与历史账务对应。
二、去年申报时未作为“无票收入”申报（已确认收入但未申报税款）
若2025年虽已确认收入（如挂账应收账款），但未申报增值税，则属于漏申报，应视为2026年新发生的纳税义务，在2026年6月所属期申报时，按正常开票流程申报缴纳增值税及附加税费，同时需补缴2025年度的企业所得税。根据规定，税务机关可追征该笔税款的滞纳金（按日加收万分之五，起算日期为原法定申报期限届满次日）。此时，账务上应将补缴的增值税及附加税费作为当期损益（或以前年度损益调整）处理，并关注企业所得税汇算清缴是否需要更正。
三、能否拒绝开票？——不建议，风险较高
从法律义务和商业关系两个角度分析，企业都不建议拒绝开票：
- 法律义务：根据规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。这是法定义务，客户有权要求补开。
- 税务风险：根据相关规定，企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。如果企业在客户已支付款项后仍拒绝开票，税务机关可以依据相关规定，对该企业处以罚款，且如因此导致客户无法税前扣除，企业可能面临赔偿诉讼风险。
- 商业风险：拒绝客户合规的开票要求，可能导致客户投诉至税务机关，引发不必要的税务核查，甚至影响长期合作关系。
四、相关风险提示
- 留存备查资料：补开发票后，应将原合同、2025年确认收入的凭证、银行收款记录等资料整理归档，并附上发票复印件，形成完整的证据链，以备税务机关核查。
- 关注跨年发票的税前扣除问题：对于客户而言，补开的2025年发票能否在2026年税前扣除？根据规定，企业以前年度应当取得而未取得发票，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的发票，可以追补至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过五年。因此，客户取得的补开发票，只要在5年内，仍可追补扣除，不需要担心过期问题。
- 电子发票与纸质发票的存档：补开电子发票时，需通过税务数字账户或电子税务局开具，确保发票信息的电子存根可追溯；补开纸质发票时，需在发票系统内进行“开具红字发票”等相关操作，保留存根联备查。
- 小规模纳税人的特殊处理：如果公司是小规模纳税人，补开发票时，需关注当期销售额是否超过免税额度（月销售额10万元或季度30万元）。如果补开票后导致当期销售额超标，可能需要补缴增值税，这一点需提前测算。