针对您提出的跨年度发票处理问题，核心在于企业所得税的税前扣除凭证合规性及费用归属期的判定。根据《企业所得税法》及国家税务总局关于税前扣除凭证的公告，企业发生支出，应取得税前扣除凭证，作为计算企业所得税应纳税所得额时扣除相关支出的依据。对于跨期发票的处理，需从时间、金额及发票类型三个维度综合考量。
一、时间维度：跨期扣除的税务规则
企业当年度实际发生的相关成本费用，由于各种原因未能及时取得该成本费用的有效凭证，在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本费用的有效凭证。具体到您的情况，2024年发生的费用，其税前扣除的凭证最晚应在2025年5月31日（即2024年度企业所得税汇算清缴截止日）前取得。若在此日期前未取得合规发票，则该笔费用不能在2024年度税前扣除。现在已是2026年，该发票已错过2024年汇算清缴的补充期限，属于典型的“逾期票据”。
二、金额维度：大额与小额的处理差异
税务实践中，对跨期发票的处理通常结合金额大小：
- 小额标准：对于金额较小（如增值税起征点以下）的支出，若未在当年度扣除，根据权责发生制原则，在汇算清缴期后取得发票的，部分地区税务机关允许追补至发生年度扣除，但追补确认期限不得超过5年。不过，该操作需做专项申报及说明，流程相对繁琐。
- 大额标准（涉及约5万元） ：对于金额较大的支出，若在汇算清缴期后仍未取得发票，则不允许在发生年度扣除。若在以后年度取得发票，只能将该笔支出调整至发票取得年度入账。但这会带来新的风险——该项支出属于2024年的成本，却计入了2026年的损益，违背了会计上的“权责发生制”和税法上的“配比原则”，税务机关在稽查时很可能要求企业进行纳税调整，补缴税款并加收滞纳金。
三、风险维度：企业入账与销售方冲红
- 企业直接入账的风险：您提到的金额达约5万元，若强行计入2026年费用，属于“跨期列支”。在税务稽查中，该行为容易被认定为未按应纳税所得额计算缴纳税款，根据税收征管法，税务机关有权追缴其不缴或少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款。
- 销售方冲红风险：您担心销售方冲红存在风险，实际上，对于销售方而言，开具红字发票需基于真实的业务情形，如销货退回、销售折让或服务中止。若2024年的业务已真实发生且未发生退回，仅仅为了帮助购买方“换票”而冲红重开，则属于虚开发票行为。一旦被税务系统的大数据风险模型捕捉到异常冲红，双方均可能面临行政责任甚至刑事责任风险。因此，对方拒绝冲红是基于合规考虑的审慎做法。
综上所述，对于已跨两个年度且金额不小的发票，建议贵公司按“以前年度损益调整”科目进行账务处理，即在2026年账套中通过该科目核算，并在2026年度企业所得税汇算清缴时，将该笔费用做纳税调增处理，即不参与2026年应纳税所得额的计算，从而避免后续的税务稽查风险。