一、核心结论：数量与金额必须同步匹配
增值税发票上的数量与送货单（或入库单）上的数量不一致，即使发票总金额与合同金额一致，也是不合规的。合规的发票开具原则是：品名、数量、单价、金额四项要素必须与真实发生的业务完全一致。将发票单价调高、数量压低以保持总金额不变，虽然在总额上未造成差异，但扭曲了业务实质，破坏了进销存数据链条的完整性和可追溯性。
二、数量不一致的深层风险
（一）存货账实不符，库存逻辑断裂
购进货物时，企业通常按送货单的实际数量办理入库，而发票数量与入库数量不一致，将导致会计账面数量与实际库存数量产生永久性差异。若发票数量小于实际入库数量，则账面库存永久少于实际库存，企业在后续销售时会因账面库存不足而无法正常开具销售出库单或结转销售成本——即“账面库存为负”的问题。这种差异在存货盘点时必然暴露。
（二）增值税进项抵扣风险
增值税发票的开票信息须与真实交易完全一致，任何要素的偏差都可能导致发票被认定为不合规凭证。根据《增值税暂行条例》第九条的规定，纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。若发票数量与送货单不一致，税务机关在核查时有权认定该发票不合规，从而要求进项转出、补缴税款并加收滞纳金。
（三）企业所得税税前扣除风险
根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）的规定，企业取得不合规发票的，其支出不得在税前扣除。发票数量与送货单不符，属于典型的“不合规”情形，可能导致该笔采购成本在汇算清缴时被要求做纳税调增处理。
三、正确做法：不符即退回重开
当发票信息与送货单不一致时，甲公司应当采取以下措施：
- 拒收该发票：通知乙公司该发票信息与实际收货不符，要求乙公司作废或红冲该发票。
- 要求乙公司重新开具发票：新发票必须按照实际收货数量和合同约定的单价如实开具，确保数量、单价、金额均与实际入库业务完全一致。
- 在未取得合规发票前暂估入账：货物已入库但发票未到的，可先按暂估入库处理，待取得合规发票后再行调整。
- 同步调整采购订单与合同：若实际收货数量与合同约定确实存在差异，应通过签订补充协议等方式明确变更，确保合同、发票、送货单、入库单四者之间的信息完全一致。
四、退货情形的处理规则
当发生退货时，发票的处理分为两种情况：
情形一：退货发生在发票开具之前
乙公司应按实际发货数量（即合同数量减去退货数量）开具发票，并在发票备注栏中注明“退货数量”或“实发数量”，同时在合同中明确该笔退货的确认依据。
情形二：退货发生在发票开具之后
如果乙公司已按原合同数量开具发票，甲公司收到后发现部分货物不符要求需退货，此时应分以下两步操作：
- 第一步：甲公司按原发票认证抵扣进项税额（正常操作流程）；
- 第二步：乙公司就该退货部分开具红字发票（即增值税专用发票的红字发票），对已开具发票的部分数量进行冲减。
通过“原蓝字发票抵扣 + 红字发票冲减”的两步操作，最终实现进项税额与实际采购金额的匹配。账务处理上，甲公司取得红字发票后，作进项税额转出处理，并相应冲减存货成本或挂账的应付账款。乙公司在开具红字发票后，应相应冲减当期销售收入及销项税额。
五、内部管理建议
- 建立“四单匹配”审核机制：在发票入账前，财务部门应将发票信息与采购订单、送货单、入库单逐项核对，确保品名、数量、单价、金额“四要素”完全一致。信息不符的，不予入账。
- 退货信息及时传递至财务部门：业务部门发生退货时，应在退货发生当日通知财务部门，以便财务在账务和税务处理中同步调整，避免出现“账上已入、实物已退”的不一致状态。
- 在合同中明确计量与结算规则：对于可能存在的交货数量浮动（如行业惯例允许±5%的溢短装条款），应在合同中明确约定结算方式，避免发票开具时产生争议。
- 定期进行库存盘点与账实核对：通过定期盘点，及时发现发票数量与实收数量之间的差异，尽早纠正，避免差异长期累积形成系统性税务风险。
六、总结
发票数量与送货单数量不一致但金额一致的做法，在税务合规层面不被认可。企业应坚持“以实际收货数量为准”的原则开具发票，发生退货时通过红字发票方式妥善处理，并建立内控审核机制，从制度上杜绝票货不符的问题，确保进项税额抵扣与成本列支的合法合规。