该问题的核心在于工资薪金个人所得税的扣缴义务发生时间与会计计提时点之间的差异，以及跨年度补发工资的税务处理规则。以下从个税扣缴规则、账务处理及风险防范三个维度展开分析。
一、工资薪金个税的扣缴义务发生时间
根据《个人所得税法》及其实施条例的规定，工资薪金所得的扣缴义务发生时间为“实际支付”税款的当月，而非工资的所属会计期间。即：个人取得工资薪金所得的时点，以实际收到款项的日期为准，与工资计提月份无关。因此，在2025年度虽然计提了工资并据此申报了个税，但该操作本身与税法规定的扣缴时点存在偏差。正确做法应当是：在2025年度12月31日前未实际发放的工资，不应在2025年度申报个人所得税。企业的提前申报行为，属于申报时间与实际支付时间不一致的情形，存在被税务机关认定为申报不实的风险。
二、2026年补发工资时的个税处理
2026年实际补发2025年度工资时，该笔款项构成员工在2026年度取得的工资薪金所得，应在补发当月并入员工当期的工资收入，按照累计预扣法计算并代扣代缴个人所得税。由于企业在2025年度已就同一笔工资申报过个税并缴纳税款，2026年补发时若再次申报并扣税，将导致同一笔收入在个税系统中被重复申报、重复征税。正确的处理方式是：在2026年补发当月，不再就该笔补发工资进行个税申报和扣税，因为其对应的税款已在2025年度提前缴纳入库。但需注意，申报扣缴个税后因资金问题未在当年实际发放工资，将导致个税申报数据与工资实际发放时间不一致，需及时更正。
三、2025年度已申报个税的更正处理
由于2025年度计提的工资并未实际发放，企业已申报的个税需进行更正。具体操作上，企业应在2025年度个人所得税扣缴申报表中，将未实际发放的工资对应的收入额进行调减，并申请退还多缴的税款，或在后续申报期以抵减方式处理。若未及时更正，税务机关通过比对个税申报数据与银行代发工资流水，可能发现数据不一致，从而触发预警推送。此时，企业需提供工资计提表、发放记录及情况说明等资料，配合税务机关进行核实。若无法合理解释提前申报的原因，可能面临补缴滞纳金或罚款的风险。
四、账务处理与备查资料
在2026年补发2025年度工资时，会计处理上可采用两种方式：其一，冲减“应付职工薪酬——工资”的贷方余额，借记该科目，贷记“银行存款”，账务摘要注明“补发2025年度X月工资”；其二，通过“以前年度损益调整”科目核算，但该方法适用于金额较大或需单独反映前期薪酬差异的情形，一般补发可直接冲减应付职工薪酬余额。
为降低税务核查风险，建议企业准备以下备查资料：2025年度工资计提明细表及计提依据（含考勤、绩效考核结果等）；工资发放审批记录；银行发放回单（2026年补发时）；关于延迟发放的书面情况说明（如资金困难说明、客户回款延迟等客观原因）。上述资料在税务机关进行数据比对或发起问询时，可作为佐证材料提交。
五、补充情况：补发2026年上半年工资的处理
若企业补发的是2026年1月至6月期间的工资，且该期间各月个税申报已按“0工资、仅社保扣除”填报，则补发当月将上述未发月份的工资合并计入当月收入，按累计预扣法计算当月应预扣税额。此时，因前期个税申报已按零收入处理，补发时直接按实际收入申报纳税即可，无需涉及更正前期申报。
六、综合建议
对于2025年度已计提但未发放工资且已申报个税的情形，建议企业在2026年补发工资前，先向主管税务机关说明历史原因，并完成2025年度个税申报的更正手续，再行补发工资。补发当月按实际发放金额确认收入并入当期个税计算，避免因两个年度数据交叉引发系统预警。若补发金额较小且企业能够提供完整佐证材料，也可在补发当月直接发放并做好台账记录，但需确保个税申报数据与实际发放数据在2026年度内保持一致。