针对您提出的公司向离职员工追讨社保及公积金垫付款项的问题，我们从社保追偿的仲裁与诉讼路径、公积金追偿的特殊性、时效计算规则及实务操作建议四个维度进行系统性梳理与解析。
一、社保个人部分垫付款的追偿路径
1. 劳动仲裁的受理情况
实践中，用人单位就垫付的社保个人部分申请劳动仲裁，多数仲裁委员会以“不属于劳动争议受案范围”为由不予受理。其法理依据在于：社保费用的缴纳属于社会保险征收部门与缴纳义务主体之间的行政关系，而非劳动争议当事人之间的民事关系。在司法实践中，仲裁不予受理后，公司可向人民法院提起诉讼。
2. 法院的裁判倾向
尽管仲裁阶段可能受阻，但人民法院对此类案件的审理态度则相对明确。根据多地法院的判例，用人单位补缴时垫付了职工个人应缴部分，有权向职工追偿。
法院支持追偿的核心逻辑在于：社会保险费由用人单位和职工共同缴纳，个人应缴部分本应由员工自行承担。公司代为垫付后，员工在没有法律依据的情况下获得了不当利益，构成不当得利，应当予以返还。
需特别注意的是，因补缴产生的滞纳金，系因公司未依法及时缴纳社保所致，依法应由公司自行承担，无权向员工追偿。
二、住房公积金垫付款的追偿路径
住房公积金与社保在追偿路径上存在显著差异：
1. 劳动仲裁基本不受理
住房公积金争议因涉及行政征缴职能，劳动仲裁机构基本不予受理。
2. 直接通过民事诉讼（不当得利）追偿
实务中，公司通常直接以不当得利纠纷为由向人民法院提起诉讼。根据《中华人民共和国民法典》第一百二十二条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人有权请求其返还不当利益。在已有判例中，法院明确支持公司要求员工返还代垫的个人部分社保及公积金。
三、时效计算的关键差异
社保与公积金在追偿时效上适用不同的规则：
1. 社保垫付追偿：劳动争议仲裁时效（1年）
社保垫付追偿被定性为劳动争议，适用《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，仲裁时效期间为1年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。垫付社会保险费的争议仲裁时效，通常从公司实际垫付之日起计算。
2. 公积金垫付追偿：民事诉讼时效（3年）
公积金垫付追偿通过不当得利之诉解决，适用《中华人民共和国民法典》关于诉讼时效的规定，时效期间为3年，从公司知道或者应当知道权利被损害以及义务人之日起计算。
四、操作建议与风险提示
基于上述分析，建议按以下步骤操作：
- 优先尝试劳动仲裁：虽然社保垫付追偿的仲裁申请可能被驳回，但仲裁前置程序是后续提起诉讼的必要步骤，不可跳过。
- 仲裁被驳回后及时起诉：若仲裁不予受理，应在法定期限内向人民法院提起不当得利纠纷诉讼。社保与公积金的垫付款项可在一案中一并主张。
- 备齐关键证据：补缴的社保/公积金凭证、公司与员工之间的催缴沟通记录（邮件、微信、书面函件等）、工资发放记录等。
- 严格把控时效：社保垫付的仲裁时效为1年，从公司实际垫付之日起算；公积金垫付的民事诉讼时效为3年，同样从垫付之日起算。建议在垫付后尽快启动追偿程序，避免因超过时效导致权利无法实现。