这个问题涉及工资发放月份、社保归属月份与个税申报所属期三个时间维度的交叉，处理逻辑需回归个税申报的基本规则——收付实现制，即“实际发放工资的月份，即为个税申报的所属期”。
一、核心原则：专项扣除对应“实际支付当月代扣的社保”
根据《个人所得税法》及其实施条例，专项扣除的扣除时点，遵循“实际支付”原则。即：在计算当月应纳税所得额时，可扣除的社保个人部分，是该员工在当月实际支付（代扣） 的社会保险个人缴费金额，而不是按社保费归属月份来分摊。
公司9月发放8月工资，该笔工资在10月申报期（申报9月发放的工资）进行个税申报。此时，工资表中实际代扣的社保个人部分，是8月和9月两个月的合计金额。因此，10月申报时，专项扣除中的社保费应填写8月+9月两个月的个人部分合计，而非仅填8月。
二、为什么9月的社保可以一起扣除
9月虽然员工已离职，但公司仍然承担了单位部分缴费义务，且员工个人部分（已在8月工资中提前扣下）也在9月实际缴纳至社保账户。从资金流看，该笔个人缴费在9月随工资发放同步完成扣缴，属“9月实际支付”的专项扣除项目，因此可以在10月申报9月发放的工资时一并扣除。
三、实操举例说明
假设该员工每月个人社保缴费金额为500元，8月工资为8000元，9月工资为0元。
- 8月工资表中：应发8000元，代扣社保个人部分1000元（含8月500元+9月500元），实发7000元。公司于9月实际发放该笔工资。
- 10月个税申报时：申报收入为8000元，专项扣除填列1000元。纳税人的应纳税所得额为8000 - 5000（减除费用） - 1000（专项扣除） = 2000元，适用3%税率，应缴个税60元。
如果只填8月的500元，则应纳税所得额为2500元，应缴个税75元，多缴15元。等到年度汇算清缴时，虽然可以通过补充填报9月的500元实现退税，但增加了不必要的操作成本。
四、需要注意的两个限制
第一，专项扣除只能填写个人实际缴纳的部分，单位缴费部分不得在个税前扣除。即使员工在离职后通过转账方式将9月个人部分还给公司，若该笔钱已在工资发放时完成扣缴，则视为已代扣；若未扣而由员工自行补交，则需在补交月份对应的申报期扣除，不得在10月申报时一并填列。
第二，若该员工9月后不再有工资发放，但9月社保已提前代扣，只要该笔代扣款在9月工资发放中实际发生，就可以在10月申报时扣除。若公司在9月未发放任何工资，则不存在9月的“实际支付”行为，该笔提前代扣的社保费需在实际扣缴完成的月份（例如后续某月补发工资时）再进行扣除。
五、税务合规建议
建议在工资表中备注栏注明“本次工资含8月及9月社保个人部分合计XX元”，并保留社保缴费明细作为备查凭证，确保工资表、社保缴费明细与个税申报数据三者一致。同时，由于公司为离职员工继续缴纳单位社保，该笔单位缴费可在企业所得税前扣除，但需确保该员工与公司之间的劳动关系存续证明齐全。