这是一个涉及自然人代开发票全税种处理的问题。答案是：个人所得税、附加税费和印花税均属于法定纳税义务，但三者的征缴方式、时点和计算逻辑完全不同。
一、增值税：代开环节直接缴纳
自然人提供应税服务并申请代开发票时，增值税是必须在代开环节缴纳的税种。除特定免税情形外（如未达起征点），税务机关在代开发票时会一并征收增值税。征收率通常为 3%（现行政策下可享受减按 1% 征收的优惠）。计税公式为：
- 不含税销售额 = 含税金额 ÷ （1 + 征收率）
- 应纳增值税额 = 不含税销售额 × 征收率
二、附加税费：随增值税同征同缴
附加税费（城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加）以实际缴纳的增值税为计税依据，因此在代开环节一并征收。其计算逻辑为：
- 城建税 = 实缴增值税 × 适用税率（市区 7%，县城/镇 5%，其他 1%）
- 教育费附加 = 实缴增值税 × 3%
- 地方教育附加 = 实缴增值税 × 2%
小规模纳税人或自然人通常可享受附加税费减半征收的优惠。需注意：如果代开时增值税为零（如未达起征点），附加税费也随之免除，不需要单独缴纳。
三、个人所得税：多数情形下不随票征收，需支付方代扣或自行申报
这是最容易混淆的环节。自然人代开发票时，个人所得税通常不直接在代开窗口征收（除少数地区对“经营所得”采用核定征收方式）。而是根据收入性质区分处理：
- 劳务报酬所得（如咨询费、设计费、居间费、讲学费等）：支付方负有代扣代缴义务。企业在支付款项时，须按劳务报酬所得预扣率（20%—40%）代扣个税，并于次月 15 日内申报缴纳。
- 经营所得（如个体工商户、个人独资企业主的经营收入）：由纳税人自行申报，通常按年汇算清缴，不实行代扣代缴。
- 财产租赁、财产转让等所得：由税务机关在代开时按核定比例直接征收，或由支付方按规定扣缴。
因此，自然人代开发票时，个税是否缴纳、在哪个环节缴纳，取决于“所得项目性质”和“当地征管口径”两个因素。
四、印花税：按应税凭证类型判定是否征收
并非所有代开发票场景都涉及印花税，这取决于业务对应的合同类型是否属于应税凭证：
- 属于印花税征税范围的合同（如购销合同、技术合同、产权转移书据等）：在代开环节通常按合同金额的一定比例征收印花税。
- 不属于应税凭证的（如个人之间的借款协议、非金融机构的居间服务等）：不征收印花税。
若应税，代开窗口通常一并征收；若未征，纳税人应自行申报缴纳。
五、代开流程中的缴税顺序总结
综合来看，一次完整的自然人代开发票，其缴税流程可概括为：
- 代开申请时：税务机关一次性计算并征收增值税、附加税费、印花税（如适用）；
- 代开完成后：若为劳务报酬所得，个人所得税由支付方在支付时代扣代缴，不由税务机关在代开环节征收；
- 若为经营所得，由自然人自行在年度汇算清缴时申报缴纳个税。
六、特殊提示
第一，不同地区的代开征管口径存在差异，部分地区对劳务报酬所得也尝试在代开环节“先预征一部分个税”，后续由支付方补扣差额。因此，具体操作前建议先咨询当地主管税务机关的窗口执行口径。
第二，支付方企业在接受自然人代开的发票时，应主动判断是否属于劳务报酬所得并履行代扣代缴义务，不能以“发票已开、税款已缴”为由拒绝代扣个税，否则将面临应扣未扣税款的法律责任。