该问题涉及个人独资企业经营所得个人所得税的纳税主体认定、征收方式以及承包经营模式下的责任归属，需要从税法规定、征管实务和账务处理三个层面逐一厘清。
一、经营所得个税的纳税主体：投资人，而非企业本身
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，经营所得个人所得税的纳税义务人是“个体工商户的生产、经营所得”和“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”的个人。个人独资企业本身不是所得税的纳税人，其经营所得应按照“经营所得”项目，由投资人在年度终了后自行申报并缴纳个人所得税。
个人独资企业的经营所得个税，不由企业账户直接扣缴。这与工资薪金个人所得税由企业代扣代缴不同，经营所得个税实行“按年计算、按月或按季预缴、年度汇算清缴”的征管模式。投资人需通过自然人电子税务局自行申报，通常以个人身份登录系统，使用个人银行卡或扫码支付完成缴税。
二、承包经营情形下的纳税主体
在承包经营模式下，纳税主体的认定取决于“经营主体是否发生变更”。
- 情形一：承包后仍以原个人独资企业名义对外经营，且原投资人未变更。此时纳税主体仍为原投资人，即发包方。承包方与发包方之间的利润分配属于民事合同关系，不改变税法上的纳税主体。该笔税款应由原投资人在经营所得年度汇算时自行申报缴纳。
- 情形二：承包后以承包方自己的名义经营，或承包方办理了新的营业执照，则经营主体已变更为承包方，纳税主体随之变更为承包方的投资人。此时税款由承包方投资人自行申报缴纳。
结合用户描述的“我们是承包方”来看，若加油站营业执照未变更、仍以原个人独资企业名义经营，则纳税主体为原投资人，税款由原投资人自行申报缴纳，承包方不直接承担该项税款的法定义务。但若双方合同约定由承包方承担该笔税款的经济成本，则属于民事合同约定的成本分担，不影响税法上的纳税主体认定。
三、法人垫付后的账务处理
若投资人（法人）以个人资金垫付了经营所得个税税款，并将垫付情况向企业报销，企业可以将该笔款项返还给法人，账务处理如下：
- 确认税款时：借：所得税费用——经营所得个人所得税 X元，贷：应交税费——应交经营所得个人所得税 X元
- 法人垫付后报销时：借：应交税费——应交经营所得个人所得税 X元，贷：其他应付款——法人 X元
- 实际支付给法人时：借：其他应付款——法人 X元，贷：银行存款 X元
通过上述处理，税款在会计上确认为企业的所得税费用（实际是投资人个人的税负成本），但若该笔税款最终由承包方承担（合同约定），则应在承包方与发包方的结算中另行处理，不宜在企业账面上长期挂账。
四、经营所得个税的适用范围
经营所得个人所得税适用于以下主体：
- 个体工商户
- 个人独资企业投资人
- 合伙企业的个人合伙人
- 从事生产经营活动的其他个人（如自由职业者、网约车司机等）
而一般纳税人的有限责任公司不缴纳经营所得个税，其经营所得应先缴纳企业所得税，税后利润分配时再按“股息、红利所得”缴纳20%的个人所得税。两者适用不同的税种和税率体系，不能混淆。
五、实务建议
- 承包方应在承包合同中明确约定经营所得个税的经济承担方，避免事后争议；
- 若约定由承包方承担，建议承包方将该笔税款作为承包费用的一部分，与发包方在结算中一并处理，而非由法人直接垫付后报销；
- 若确需法人垫付，应保留完整的垫付凭证、报销审批单及银行转账记录，以证明资金流向的合规性；
- 最终纳税主体应以营业执照登记的投资人为准，若变更经营者，应及时办理工商变更和税务登记变更手续。