一、政策核心变化：从“不得扣除”到“准予扣除”
这个问题在2026年之前和之后，答案完全不同。根据《国家税务总局关于土地增值税若干征管口径的公告》（国家税务总局公告2026年第3号）第五条规定，纳税人因转让房地产缴纳的印花税，在申报土地增值税时计入“与转让房地产有关的税金”扣除；因转让房地产缴纳的地方教育附加，视同税金予以扣除。
这一规定改变了此前长期执行的旧规则。原《财政部关于印发〈企业会计制度〉的通知》及相关口径下，房地产开发企业转让环节的印花税因已计入管理费用，而管理费用又通过“房地产开发费用”按土地成本加开发成本的5%或10%限额扣除，为避免重复扣除，税务机关通常不允许在“与转让房地产有关的税金”中再次扣除印花税。新公告废止了《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（2016年第70号）第一条第二款，明确印花税可以单独作为税金扣除，不再受“已计入管理费用”的限制。
二、新规的适用范围与时间节点
新规自2026年1月1日起施行。对于此前尚未出具清算受理通知书的项目，按照新公告执行；已出具清算受理通知书的项目仍按原规定执行，不再调整。这意味着，如果企业的项目尚未进入清算受理环节，转让公寓、办公楼等房地产时缴纳的印花税，可以在土地增值税清算中据实扣除。若项目已出具清算受理通知书，则仍按旧规则处理，印花税不能单独扣除。
三、公寓与办公楼销售的具体处理
公寓和办公楼均属于“转让房地产”的范畴，与住宅项目在印花税扣除规则上没有区别。企业出售公寓或办公楼时，按“产权转移书据”税目缴纳的印花税，税率为价款的万分之五。该笔印花税可以在土地增值税清算时，填入“与转让房地产有关的税金”扣除项目栏。
需要注意的是，扣除的必须是转让环节缴纳的印花税，即因销售公寓、办公楼本身而产生的印花税。购买土地环节缴纳的印花税，通常已计入“取得土地使用权所支付的金额”，不再单独在税金栏重复扣除。这与旧规则下“购买土地印花税计入土地成本”的处理逻辑一致，新规并未改变土地取得环节印花税的归集方式。
四、尾盘销售的特殊处理
对于已办理清算后再转让房地产的尾盘销售，新公告第七条进一步明确：各类型房地产单位建筑面积扣除项目金额不包括清算时与转让房地产有关的税金，尾盘销售发生的与转让房地产有关的税金据实扣除。这意味着，尾盘销售阶段实际缴纳的印花税，可以在当期尾盘销售的土地增值税申报中直接扣除，无需并入清算时的单位扣除金额。
五、与农产品进项扣除的关联辨析
实务中容易将房地产税金扣除与农产品进项扣除混淆，两者分属不同税种和业务场景。农产品进项税额扣除率方面，自2026年1月1日起，一般纳税人购进农产品，取得农产品销售发票或收购发票的，以买价和9%的扣除率计算进项税额；购进用于生产或委托加工13%税率货物的，只能按9%扣除，不再适用此前10%的加计扣除率。这一变化与土地增值税印花税扣除属于不同政策领域，企业应分别核算，避免混用。
六、操作要点与风险提示
第一，确认项目是否已出具清算受理通知书。未出具的项目适用新规，印花税可扣除；已出具的项目仍按旧规，印花税不得单独扣除。第二，准确区分转让环节与土地取得环节的印花税。转让环节的印花税计入“与转让房地产有关的税金”，土地取得环节的印花税计入土地成本。第三，尾盘销售阶段，印花税在当期尾盘申报中据实扣除，不并入清算时的单位扣除金额。第四，更正申报时需附印花税完税凭证、产权转移书据合同等证明材料。第五，新规废止了2016年第70号公告第一条第二款，企业应更新内部税务处理流程，避免继续沿用旧规则导致少扣除或多缴税款。