一、基本原则：发票是主要凭证，但并非唯一凭证
深圳查账征收个体工商户计算经营所得时，成本费用扣除的核心要求是凭证合法、业务真实、与经营相关。根据《个体工商户个人所得税计税办法》（国家税务总局令第35号）第七条规定，应纳税所得额为收入总额减除成本、费用、税金、损失、其他支出及允许弥补的以前年度亏损后的余额。发票是税前扣除的主要凭证，但并非所有支出都必须取得发票。根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号）的规则精神，凭证类型取决于支出项目和收款方性质。
二、必须取得发票的情形
个体工商户向已办理税务登记的企业或个体工商户采购货物、接受服务，且该支出属于增值税应税项目的，必须以发票（含税务机关代开的发票）作为税前扣除凭证。例如向一般纳税人采购原材料、向公司支付设计费、向个体工商户支付加工费等，均应取得发票。未取得发票的，相应成本费用不得税前扣除。
三、无需发票即可扣除的情形
第一，非增值税应税项目支出。如支付给员工的工资薪金，凭工资表、银行发放记录及个人所得税扣缴申报记录即可扣除。社保费、住房公积金凭缴费凭证扣除。第二，小额零星采购。向从事小额零星经营业务的个人采购，单次金额未超过增值税起征点的，可凭收款凭证及内部凭证扣除。自2026年1月1日至2027年12月31日，按次纳税的增值税起征点由每次（日）500元提高至1000元。即向个人单次采购金额不超过1000元的，可凭收款凭证扣除，收款凭证应载明收款人姓名、身份证号、支出项目、金额等信息。
四、供应商注销或失联的特殊处理
若供应商已注销、被吊销营业执照或被认定为非正常户，导致无法补开发票的，个体工商户可凭以下资料证实支出真实性后税前扣除：工商注销证明或破产公告等证明资料；相关业务合同或协议；银行付款凭证；货物验收单或出入库记录；情况说明。上述资料形成完整证据链的，税务机关可认可扣除。
五、汇算清缴时限与凭证补正
个体工商户经营所得汇算清缴截止日为次年3月31日，与企业所得税的5月31日不同。应取得发票但未取得的支出，可在汇算清缴期结束前补开发票进行扣除。若在汇算清缴期结束后才取得发票，可在五年内追补至支出发生年度扣除，追补期限不超过五年。
六、风险提示与操作建议
第一，向企业或个体工商户采购必须取得发票，不能以收款收据代替。第二，小额零星采购的收款凭证应规范填写收款人信息，避免被认定为不合规凭证。第三，汇算清缴前应系统梳理无票支出，区分不同情形分类处理。第四，供应商注销情形下，应保存完整的工商注销证明、合同、付款记录等证据链。第五，工资薪金支出无需发票，但需保留工资表、银行发放记录和个税申报记录。第六，留存备查期限为支出发生年度起五年。