一、先明确小规模纳税人的计税规则
小规模纳税人采用简易计税方法，按照销售额和征收率计算增值税，不得抵扣进项税额。因此，取得一般纳税人开具的3%增值税专用发票，对小规模纳税人而言，与取得普通发票在增值税处理上没有区别，均不能用于抵扣。专票上的税额应连同价款一并计入采购成本或相关费用。
二、增值税的计算
开具135万元发票，若为含税价，适用1%征收率，则不含税销售额 = 135 ÷ (1 + 1%) = 133.66万元，应缴增值税 = 133.66 × 1% = 1.34万元。
若135万元为不含税价，则直接乘以1%，应缴增值税 = 135 × 1% = 1.35万元。以下按含税价口径计算。
小规模纳税人开具增值税普通发票，若季度销售额未超过30万元，可享受免征增值税优惠。但若开具了增值税专用发票，专票部分不得免税。本题中开具135万元，若均为普票且季度销售额超过30万元，则需全额缴纳增值税1.34万元；若其中部分为专票，专票部分按1%缴税，普票部分在30万元限额内可免税。
三、企业所得税的计算
企业所得税的计算基础是会计利润，而非简单的收入减支出。假设取得78万元3%专票，该专票可能用于采购货物或服务，其不含税金额 = 78 ÷ (1 + 3%) = 75.73万元，税额 = 2.27万元。由于小规模纳税人不能抵扣进项，这2.27万元税额应计入采购成本，即成本合计为78万元。
若该78万元全部为与收入相关的成本费用，且无其他成本费用，则：
利润总额 = 不含税收入 - 含税成本 = 133.66 - 78 = 55.66万元。
若企业符合小型微利企业条件，年应纳税所得额不超过300万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，按20%税率缴纳，实际税负为5%。则应缴企业所得税 = 55.66 × 5% = 2.78万元。
若企业不符合小型微利企业条件，适用25%税率，则应缴企业所得税 = 55.66 × 25% = 13.92万元。以下按小型微利企业口径计算。
四、附加税费的计算
附加税费包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加，以实际缴纳的增值税为计税依据。若企业位于市区，城建税税率为7%，教育费附加3%，地方教育附加2%，合计附加税费率12%。应缴附加税费 = 1.34 × 12% = 0.16万元。
若企业位于县城或镇，城建税税率为5%，合计附加税费率10%，应缴附加税费 = 1.34 × 10% = 0.13万元。以下按市区口径计算。
五、两者相抵后的总体税负
增值税：1.34万元。
附加税费：0.16万元。
企业所得税：2.78万元。
合计应缴税款 = 1.34 + 0.16 + 2.78 = 4.28万元。
若考虑78万元专票的税额2.27万元已计入成本，该税额本身不直接产生纳税义务，但通过降低利润总额减少了企业所得税。若该78万元未取得任何发票，则成本无法税前扣除，利润总额将变为133.66万元，企业所得税 = 133.66 × 5% = 6.68万元，比取得发票时多缴3.90万元。因此，取得合规发票的主要意义在于企业所得税前扣除，而非增值税抵扣。
六、对方开具税率高低对小规模纳税人的影响
小规模纳税人不能抵扣进项，因此对方开具3%专票、1%专票还是普通发票，对小规模纳税人的增值税均无影响。唯一的影响在于企业所得税：若取得的是普通发票或专票，价税合计均可计入成本；若未取得发票，则成本不得税前扣除。因此，对方开具多少税率的发票，只影响对方自身的销项税，对小规模纳税人而言，关键是发票金额是否真实、合规，以及能否作为企业所得税税前扣除凭证。
七、结论
开具135万元1%发票，取得78万元3%专票，在小型微利企业、市区附加税、78万元全部作为成本且取得合规发票的假设下，合计应缴增值税、附加税和企业所得税约4.28万元。若78万元未取得发票，企业所得税将增至约6.68万元，多缴约3.90万元。对方开票税率高低对小规模纳税人增值税无影响，只影响其自身税负；对小规模纳税人而言，核心是确保成本发票合规，以实现企业所得税前扣除。