一、业务实质与核心结论
公司将闲置房产委托中介出租，无论中介实际汇入多少款项，只要租赁合同约定的租金为1600元，公司就应按1600元全额确认不动产租赁收入。中介扣留的950元，实质是公司应付给中介的房屋维护服务费，属于两项独立业务：公司向承租方提供租赁服务，中介向公司提供维护服务。双方约定互抵，只是结算方式的简化，不改变收入与费用的税务定性。因此，公司不能只按650元确认收入，也不能只开650元发票。
二、收入确认与增值税处理
增值税方面，公司出租不动产，纳税义务发生时间为收到预收款或合同约定付款日期。即使中介未将全额租金转付，只要租赁服务已提供，公司就应按1600元全额计算增值税。若公司为一般纳税人，出租非住房适用9%税率；若为小规模纳税人，适用5%征收率。不含税收入 = 1600 ÷ (1 + 适用税率或征收率)。假设适用5%征收率，不含税收入 = 1600 ÷ 1.05 ≈ 1523.81元，应缴增值税 ≈ 76.19元。企业所得税方面，租金收入同样按1600元全额确认，不得以净额650元入账。
三、发票开具规则
公司应向承租方或中介开具不动产租赁发票，金额为1600元，不得只开650元。若只开650元，属于少计收入，存在被税务机关认定为偷税的风险。中介收取的950元维护费，应由中介向公司开具服务费发票。若中介拒绝开票，公司该笔支出在企业所得税前不得扣除，汇算清缴时需做纳税调增。
四、会计分录
假设公司为小规模纳税人，适用5%征收率，收到中介汇入650元，维护费950元暂未取得发票：
借：银行存款 650
借：销售费用——房屋维护费 950
贷：其他业务收入 1523.81
贷：应交税费——应交增值税 76.19
若公司为一般纳税人，适用9%税率，则不含税收入 = 1600 ÷ 1.09 ≈ 1467.89元，销项税额 ≈ 132.11元。分录为：
借：银行存款 650
借：销售费用——房屋维护费 950
贷：其他业务收入 1467.89
贷：应交税费——应交增值税（销项税额）132.11
若后续取得中介开具的950元服务费发票，销售费用可正常税前扣除；若始终无法取得，则汇算清缴时调增应纳税所得额950元。
五、中介无票的税务影响
中介不开具950元服务费发票，公司账面上仍可列支该费用，但企业所得税前不得扣除。这意味着公司需要多缴企业所得税。若公司适用小型微利企业5%实际税负，调增950元将多缴企业所得税约47.50元；若适用25%税率，多缴约237.50元。此外，若中介为已办理税务登记的企业，公司应主动索取发票；若中介为个人，单次金额超过1000元起征点，也应取得发票或代开发票。
六、风险提示与操作建议
第一，只开650元发票属于少计收入，税务稽查时可通过租赁合同、银行流水、中介结算单发现差额，面临补税、滞纳金和罚款。第二，双方互抵约定不能对抗税法，公司仍应按全额确认收入。第三，中介无票支出需纳税调增，建议在合同中明确中介必须开具服务费发票。第四，若中介长期不开发票，可考虑改变结算方式：要求中介将1600元全额汇入，公司再另行支付950元维护费并索取发票。第五，留存租赁合同、中介协议、结算明细、银行回单等资料备查。第六，若已按650元申报，应尽快更正申报并补缴税款，避免风险累积。