一、先明确一个基本结论
2026年归还60万元本金本身不需要缴纳增值税，也不产生企业所得税。但用户追问的“26年直接备注还款，是否存在26年之前的利息增值税和所得税补缴风险”，答案是：确实存在，而且风险大小取决于2024年借款时是否约定了利息、是否实际支付利息、两家公司是否属于同一集团、以及资金往来的实质用途。
二、2026年还款本身不涉及新增税负
借款本金归还不属于增值税应税行为，也不属于企业所得税应税收入。无论2024年借款时适用旧增值税法，还是2026年还款时适用新增值税法，本金归还都不产生增值税纳税义务。这一点是明确的，不需要因为新增值税法实施而额外缴税。
三、无息借款的增值税风险
若2024年借款时双方未约定利息，属于无息借款。根据财税〔2016〕36号文附件1第十四条，单位向其他单位无偿提供服务，视同销售服务，但用于公益事业或以社会公众为对象的除外。关联方之间的无息借款，原则上属于无偿提供贷款服务，出借方应视同销售缴纳增值税，税率为6%。
但存在一项重要例外：根据《财政部 税务总局关于明确养老机构免征增值税等政策的通知》（财税〔2019〕20号）及后续延续政策，自2019年2月1日至2027年12月31日，企业集团内单位（含企业集团）之间的资金无偿借贷行为，免征增值税。若两家公司属于同一企业集团，且满足集团登记、股权关系等条件，无息借款可享受免征增值税。若不满足集团条件，则出借方需按6%补缴增值税及附加税费。
四、无息借款的企业所得税风险
企业所得税方面，根据《企业所得税法》第四十一条，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。无息借款意味着出借方未取得利息收入，可能被税务机关核定利息收入并补缴企业所得税；借入方未支付利息，可能被认定少列费用，但若出借方未申报收入，借入方相应费用也可能不被认可。
若两家公司税负相同，且均无逃避税目的，实务中部分税务机关不强制调整。但若税负差异较大，或长期大额无息借款，被调整的风险显著上升。
五、有息借款未处理的补税风险
若2024年借款时约定了利息，但实际未支付、未开票、未申报，则出借方应就利息收入补缴增值税及企业所得税。增值税方面，贷款服务利息收入适用6%税率，纳税义务发生时间为合同约定付息日或实际收到利息日。企业所得税方面，利息收入应按权责发生制计入所属年度。借入方若未取得利息发票，相应利息支出不得税前扣除。若2026年还款时才一并处理，可能涉及2024年度、2025年度的补税和滞纳金。
六、关联方借款的特别纳税调整风险
两家公司同受同一法人控制，属于关联方。关联方之间的资金往来，若利率明显低于市场水平或无偿，税务机关可参照金融企业同期同类贷款利率进行特别纳税调整。调整后，出借方补缴增值税和企业所得税，借入方相应调整利息支出。若涉及跨境关联交易，风险更高。
七、印花税问题
借款合同不属于印花税应税凭证。根据《印花税法》所附税目税率表，借款合同仅指银行业金融机构、经国务院银行业监督管理机构批准设立的其他金融机构与借款人签订的借款合同。企业之间的借款合同不征收印花税。因此，2024年这笔借款不需要补缴印花税。
八、操作建议与风险化解
第一，核实2024年借款合同是否约定利息。若无息，确认两家公司是否属于同一企业集团，能否适用集团内无偿借贷免征增值税政策。第二，若不属于集团，建议与主管税务机关沟通，评估补缴增值税的可能性，争取按合理利率核定，而非全额视同销售。第三，若约定利息但未申报，尽快补开发票、补申报增值税和企业所得税，减少滞纳金累积。第四，2026年还款时，在银行回单备注“归还2024年借款本金”，避免被误认为利息或其他款项。第五，留存借款合同、银行流水、集团股权结构证明、情况说明等资料备查。第六，若涉及金额较大，建议在还款前完成税务自查，主动补正，争取从轻处理。