一、先分清“机票款”发票和“代理服务费”发票
票务公司开出的发票可能是两种性质完全不同的凭证，处理方式截然不同。第一种是航空运输电子客票行程单，这是承运人（航空公司）或其代理企业开具的运输服务凭证，可以用于进项抵扣和企业所得税扣除。第二种是票务公司就代订服务费开具的增值税普通发票，属于“现代服务—商务辅助服务”，不属于国内旅客运输服务，不能按旅客运输服务抵扣进项税。追问中“票务公司开的、抬头是公司”的发票，首先要确认票面品名是“运输服务”还是“代理服务费”，这决定了后续处理方向。
二、航空运输电子客票行程单：购买方抬头和旅客信息缺一不可
2024年12月起，民航旅客运输服务全面推广使用电子发票（航空运输电子客票行程单），在旅客信息之外增加了购买方名称和统一社会信用代码栏次。如需将该行程单用于抵扣税款、税前扣除和财务报销，应在购买方名称和统一社会信用代码处填写单位信息，出行人信息在旅客信息栏展示。也就是说，电子行程单必须同时具备两个要素：购买方是公司，旅客信息栏注明员工姓名和身份证件号。只有公司抬头、没有员工姓名，或者只有员工姓名、抬头是个人，都可能导致抵扣受阻。若购买方为个人、旅客姓名为公司员工，该行程单可以作为报销凭证，但不能作为增值税进项抵扣凭证。老版纸质行程单只打印个人姓名，本身不能打印公司抬头，用于抵扣时需要额外提供证明员工身份的材料。
三、票务公司开具的代理服务费发票不能抵扣进项
如果票务公司开具的是“代订机票款”“票务代理服务费”品名的增值税普通发票，税率通常为6%，这属于购进商务辅助服务，不属于国内旅客运输服务，不能按旅客运输服务的规则抵扣进项税。即便发票抬头是公司，也不能改变其业务性质。有观点认为“有合同和票务公司也可以”，但仅凭合同无法将代理服务费转化为运输服务，抵扣进项仍然存在风险。合规的做法是：向票务公司索取航空公司开具的电子行程单或数电行程单，作为进项抵扣和税前扣除的凭证；票务公司的代理服务费发票单独作为费用入账。
四、企业所得税税前扣除的处理
企业所得税方面，员工因公出差的机票费用，凭公司抬头的电子行程单、出差审批单、行程记录和付款凭证，可以计入差旅费税前扣除。若只有票务公司的代理服务费发票，没有航空公司行程单，扣除金额仅为代理费部分，机票款本身可能因缺少合规凭证而面临调增风险。因此，报销时应要求员工同时提供行程单和票务代理发票，两者一并入账。
五、连续追问的概括处理
原追问中“备注有旅客身份信息可以使用抵扣”和“没有员工信息怎么办”，可以概括为：电子行程单有购买方公司抬头和旅客信息，可以抵扣；只有公司抬头没有员工姓名，抵扣存在瑕疵，建议向票务公司补开或换开合规行程单；票务公司的代理服务费发票本身不能按旅客运输抵扣。操作顺序是先确认发票类型，再核对购买方抬头和旅客信息，最后决定是否抵扣以及如何补正。