一、结论：不行，必须由签订合作协议的那家公司开票
海鲜合作协议的签约主体是乙方某公司，结算单也对应这家公司，那么发票就应该由这家公司开具。如果实际开票的是另外一家公司，哪怕两家公司是关联企业、同一个老板、同一批海鲜，也会造成合同流与发票流不一致。餐饮企业拿到这种发票，表面上看有票，实际上属于不合规凭证，不能作为企业所得税税前扣除凭证，一般纳税人也不能据此抵扣进项税额。
二、核心原因是“四流一致”
税务大数据比对越来越细，合同流、发票流、货物流、资金流要相互对应。合同是跟A公司签的，货是A公司供的，结算单是A公司确认的，付款也应该付给A公司，发票自然应由A公司开具。如果发票由B公司开，就出现合同主体与开票主体分离。税务机关会问：B公司到底有没有参与这笔海鲜交易？如果没有，B公司开票就可能被认定为虚开；如果有，为什么不直接与B公司签合同？这种解释成本很高，风险也大。
三、餐饮企业面临的具体风险
第一，企业所得税风险。不符合规定的发票不得作为税前扣除凭证，汇算清缴时需要调增，补缴企业所得税并可能产生滞纳金。第二，增值税风险。如果餐饮企业是一般纳税人，取得不合规专票并抵扣，进项税额要转出，补缴增值税、滞纳金，甚至罚款。第三，虚开连带风险。如果开票方被认定为虚开，受票方也可能被调查，影响纳税信用等级。第四，内部管理风险。付款对象、结算单、合同、发票四者不一致，财务无法闭环，审计和税务检查时很难说明。
四、供应商同样有风险
乙方让两家公司分别开票，可能想拆分收入、调节税负或方便收款，但这种操作会把自身置于虚开风险中。金税系统会比对开票数据、申报数据、银行流水和合同信息。长期用关联公司代开，容易被预警。真正合规的做法是：谁签合同，谁供货，谁结算，谁开票，谁收款。
五、正确操作路径
如果实际只有签约乙方一家公司供货，就要求乙方统一由签约公司开票，结算单、收款账户、合同主体保持一致。如果确实有两家公司分别参与供货，比如一家供海鲜、一家供调料或冻品，那就分别签合同，分别结算，分别开票，分别付款，不要把两个主体的业务混在一个协议里。如果乙方坚持由两个公司开票，可以要求重新签订三方协议或补充协议，明确两家公司各自的权利义务、供货范围、结算金额和开票主体，确保每个主体对应自己的真实业务。
六、怎样跟对方沟通更有说服力
沟通时不要一上来就说“你们这样不行”，可以先表达继续合作的意愿，再说明财务和税务要求。可以说：我们非常愿意长期合作，但公司财务制度要求合同、结算、发票、付款四流一致。如果开票主体和签约主体不一致，我们无法入账，也不能税前扣除，税务局会认定为不合规发票，甚至涉及虚开，这对我们双方都不利。为了合作顺利，请由签约公司统一开票；如果另外一家公司也实际参与供货，我们可以分别签合同、分别开票、分别结算。这样既合规，也不影响业务。必要时可以发书面函件，附上四流一致和税前扣除凭证的要求，让对方财务也参与沟通。
七、连续追问概括
原追问中“结算单对应乙方，乙方用两个公司开票，这个不行吧”“想要求对方只用签合同的公司开票，怎么沟通更有说服力”，可以概括为：不行，因为合同流与发票流不一致；沟通时要强调四流一致、税前扣除、进项抵扣和虚开风险，并给出“签约公司统一开票”或“分别签合同分别开票”两个解决方案。这样既坚持原则，也给对方留出合规调整空间。