一、先看发票类型，再判断纳税义务
建筑企业收到预收款后，开票方式不同，增值税结果完全不同。第一种是开具“建筑服务预收款”不征税发票，票面税率栏显示不征税。第二种是直接开具带税率的增值税专用发票或普通发票。前者不产生增值税纳税义务，但收到预收款仍需按规定预缴增值税；后者在开票当天即触发增值税纳税义务，应按适用税率或征收率全额计算销项税额，并当期申报，已预缴税款可以抵减。不能把“开票”和“收款”简单等同，关键看发票是否带税率。
二、增值税预缴的计算逻辑
收到预收款时，无论是否开不征税发票，建筑企业通常都要预缴增值税。预缴基数为预收款减去当期支付的分包款后的余额。一般计税项目预征率按现行规定为两个百分点，简易计税项目为三个百分点。计算公式为：预缴增值税等于（预收款减支付的分包款）除以（1加适用税率或征收率），再乘以预征率。举例来说，某项目收到预收款180万元，支付分包款60万元，适用一般计税，预缴增值税等于（180减60）除以1.09，再乘以2%，约为2.20万元。若适用简易计税，则按3%预征率计算。预缴后取得完税凭证，在机构所在地申报时抵减应纳税额。
三、企业所得税不按开票确认收入
企业所得税上，建筑企业确认收入的原则是完工进度，不是收到预收款，也不是开具发票。收到预收款时，会计上通常计入合同负债，税务上不确认应税收入，因此一般不缴纳企业所得税。只有项目实际施工、按完工百分比或完工进度确认收入、结转成本时，才产生企业所得税纳税义务。即使提前开具了带税率的发票，企业所得税收入确认时点仍按完工进度判断，不因开票而提前。这一点与增值税不同，必须分开处理。
四、会计分录示例
收到预收款并开具不征税发票时：借银行存款，贷合同负债。预缴增值税时：借应交税费—预缴增值税，贷银行存款。后期按完工进度确认收入时：借合同负债，贷主营业务收入，贷应交税费—应交增值税（销项税额）。同时结转成本：借主营业务成本，贷工程施工或合同履约成本。
若提前开具带税率征税发票，开票当天增值税纳税义务发生，应确认销项税额：借应收账款或银行存款，贷应交税费—应交增值税（销项税额），差额部分仍按合同负债或预收账款核算。收入仍按完工进度确认，不能因为开票就全额确认收入。
五、风险与操作建议
第一，不要混淆不征税发票和征税发票，开票前与甲方确认发票类型。第二，预收款预缴要及时，避免项目地预缴缺失。第三，预缴税款要取得完税凭证，申报时准确抵减。第四，企业所得税按完工进度确认，留存施工合同、进度单、结算单、成本发票。第五，若已开征税发票，增值税申报收入可能大于会计收入，产生税会差异，需在申报表中正确填列。第六，跨地区项目要关注项目地预缴和机构地申报的衔接。
六、连续问题概括
如果后续追问“预收款开了不征税发票是否还要预缴”“开了征税发票是否还要预缴”“企业所得税何时确认”，可以概括为：不征税发票不产生销项但需预缴；征税发票开票即产生销项，预缴可抵减；企业所得税始终按完工进度确认，不按预收款或开票时点确认。三条线分开判断，账务和申报才不会乱。