一、职工薪酬两栏均填1至9月累计数，不是7至9月本季数
企业所得税季度预缴申报表中的职工薪酬栏次，按截至本税款所属期末的本年累计数填报。第三季度申报时，取数区间是1月1日至9月30日，不是仅填7月至9月三个月的发生额。如果误按本季数填报，会与利润表、应付职工薪酬明细账的累计数对不上，系统比对时容易产生异常提示。用一句话概括：看的是年初到季末的累计，不是单季发生额。这一口径对“已计入成本费用的职工薪酬”和“实际支付给职工的应付职工薪酬”两栏同时适用。
二、已计入栏取贷方累计，实际支付栏取借方累计
“已计入成本费用的职工薪酬”取“应付职工薪酬”贷方一级科目的本年累计发生额，反映企业已经计提并计入成本费用的薪酬总额，包括工资薪金、福利费、教育经费、工会经费、社保及住房公积金等。只要会计上已经计提并计入成本费用，即使款项尚未实际发放，也应填入这一栏，不能因为没发就剔除。 “实际支付给职工的应付职工薪酬”取“应付职工薪酬”下工资薪金等明细的借方本年累计发生额，反映实际发放金额；计提未发的部分不进入这一栏。以替换示例说明：1至9月计提工资45万元，实际发放38万元，则已计入栏填45万元，实际支付栏填38万元，差额7万元对应期末应付未付工资。两栏不要求相等，各取各的累计发生额。
三、只有主表时的申报操作：填完主表直接提交，其他表不点提交
如果系统只带出A类主表，第二、第三张附表没有数据，不需要逐张点“提交申报”。正确做法是：先确认主表数据填写完整、逻辑校验通过，再直接对主表执行提交申报；没有数据的附表不点提交，避免出现“附表未填”的重复提示。部分电子税务局有“暂存”按钮，可先暂存再提交；没有暂存按钮的，核对无误后直接提交即可。各地系统界面略有差异，以页面实际按钮为准，不必因为找不到暂存而反复操作。
四、利润总额为负数时，小型微利企业优惠事项可以不填
利润总额为负数，说明当期没有应纳税所得额，小型微利企业减免税额的计算基础为零，优惠事项栏可以不填或留空，直接提交申报。但这不等于放弃优惠资格：季度预缴按累计利润判断，若后续季度累计利润转正且符合小型微利企业条件，仍可在对应季度享受减免。需要注意，季度预缴的“利润总额”是会计口径，年度汇算时还要做纳税调整；预缴阶段利润为负，不代表全年一定亏损。
五、利润表本期数与系统累计数不一致：先找差异再决定是否手改
出现利润表“本期金额”与电子税务局系统“本年累计数”不一致，先不要急着改数，按三步排查：第一，确认系统取数期间是否正确，第三季度“本期金额”通常指7至9月，“本年累计数”指1至9月，两者口径不同，本来就不应相等；第二，核对利润表本身的本年累计栏是否填错，是否把本期数误填进累计栏；第三，检查是否存在以前月份更正申报后系统未同步的情况。确认系统累计数错误、账面数据正确的，可手动更正为账面累计数；确认是账面填报错误的，应先改账或改表，再重新填报。无论哪种情况，都要保留利润表、科目余额表和更正说明，避免后续核对时说不清差异来源。