一、先统一开票和含税口径。 合同含税135.6万元，对应不含税120万元、销项税15.6万元。A已付90.4万元，B已开90.4万元，对应不含税80万元、税额10.4万元，剩余含税45.2万元尚未开票。只要剩余部分不补开，A的进项就只有10.4万元，A的增值税负担是15.6减10.4等于5.2万元，B的增值税负担是10.4万元，这只是过渡状态，不是最终税负。B最终应向A补开45.2万元，使A取得进项15.6万元，A的销项与进项相等，增值税为零；B的销项为15.6万元且无进项抵扣，增值税全部由B承担。
二、增值税和附加税要单独算，不能混进会计利润。 最终状态下，A增值税为零，附加税为零；B增值税15.6万元，按城建税7%、教育费附加3%、地方教育附加2%合计12%计算，附加税为15.6乘12%等于1.872万元。若只看已开票90.4万元的过渡状态，A增值税5.2万元、附加0.624万元，B增值税10.4万元、附加1.248万元；补开后会通过进项和销项调整回最终状态，所以不能拿过渡状态的税额去分最终利润。
三、会计利润和项目净利润。 最终A的不含税收入120万元，不含税成本也是120万元，会计利润为0；B的不含税收入120万元，成本42万元（普票不能抵扣进项，但可全额计入成本），附加税1.872万元，会计利润为120减42减1.872等于76.128万元。项目合计会计利润就是76.128万元，而不是78万元，差额正是附加税。企业所得税是法人税，A利润为0，所得税为0；B按76.128乘25%计算，假设无纳税调整，所得税为19.032万元。项目税后净利润为76.128减19.032等于57.096万元，双方各分一半为28.548万元。对方会计按78减19.5等于58.5、再平分29.25，多算了0.702万元，原因是没有扣附加税；原始回答按78直接平分39，则是既未扣附加税也未扣所得税，只适合“税前利润平分”的约定，不适合“最终净利润平分”。
四、结算时要补开票、再分利。 B已收90.4万元，最终应再收45.2万元，并补开45.2万元发票。最终B的现金结果为：收135.6减成本42减增值税15.6减附加1.872减所得税19.032减分给A的28.548，剩余28.548；A收客户135.6、付B135.6，再收B分利28.548，净得28.548。双方协议应明确：平分基数是税前利润还是税后净利润、增值税资金负担是否另行分摊、所得税各自承担、B向A支付分利款采用何种合法形式。只有把“最终全额开票、扣附加税、各自算所得税”三个前提固定下来，利润分配才不会在过渡开票状态下算错。