一、退货红冲：增值税在当期转出，不追溯2020年申报表；折旧的已扣除部分原则上不追溯，但需关注所得税的当期损益归属。
增值税层面，你方2020年已抵扣的39万元进项，应在取得红字发票或《红字信息表》的当期做进项税额转出，填入附表二第20栏，依据是国家税务总局公告2016年第47号。不需要更正2020年所属期的增值税申报表，因为2020年的抵扣在当时是合规的，退货是后续新发生的事项，转出在当期完成即可。
折旧层面，2020年至退货期间已计提并税前扣除的100万元折旧，原则上不因退货而追溯调整以前年度损益和所得税申报。这一点在实务中有明确观点：固定资产因质量问题退货时，此前按规定计提的折旧符合会计准则和税法，不需要更正前几年的会计报表，也不需要做企业所得税的更正申报。退货相当于供应商以已折旧金额作为对价收回设备，差额计入当期损益（营业外收入或资产处置损益），而不是去修改历史报表。
账务处理（不追溯以前年度，当期消化）：先将设备转入清理，借“固定资产清理”239万元、借“累计折旧”100万元，贷“固定资产”339万元；收到退款并转出进项，借“银行存款”339万元，贷“固定资产清理”339万元，同时借“固定资产清理”39万元，贷“应交税费—应交增值税（进项税额转出）”39万元；最后将“固定资产清理”的借方余额39万元转入当期“营业外支出”或“资产处置损益”。原回答中“借固定资产清理339、累计折旧100、贷固定资产339”确实是金额错误，正确应为固定资产清理239，这一点追问者的判断是对的。
二、资产处置（按公允价回售）：走固定资产清理，增值税税率取决于原进项是否已抵扣。
如果供应商不接受“撤销原交易”，而是愿意按当前公允价值买回设备，你方应作为销售自己使用过的固定资产处理。你方2020年购入时已抵扣进项39万元，因此再销售时必须按13%税率计算销项税额，不能适用“3%减按2%”的简易计税（该简易计税仅适用于购进时未抵扣进项的固定资产）。
账务上，先转入清理（借固定资产清理239、累计折旧100，贷固定资产339）；按公允价收款并确认销项，借“银行存款”，贷“固定资产清理”、贷“应交税费—应交增值税（销项税额）”；最后将清理净额转入“资产处置损益”。与红冲方案相比，资产处置的增值税是就回售价全额计算销项，而红冲方案是将原39万元进项转出，两者税基不同，需要按实际回售价格测算税负差异。
三、两条路径的核心差异不在“哪条更省税”，而在“交易实质是什么”。
红冲方案的实质是解除2020年的采购合同，供应商退回全部价款，你方退回设备（尽管设备已使用）。它的优点是增值税只涉及39万元进项转出，不产生新的销项；缺点是供应商需要配合开具红字发票，且如果税务机关将退货定性为“撤销2020年交易”，可能触发对2020年所得税的追溯讨论（尽管实务中不追溯是主流口径，但并非绝对没有争议）。
资产处置方案的实质是你方作为二手设备卖方，将设备卖给供应商。它的优点是法律关系清晰，不需要红冲原发票，供应商按购买二手设备取得进项（如其为一般纳税人）；缺点是你方需按13%就回售价计算销项，税负可能高于红冲方案下的39万元转出，具体取决于回售价高低。
四、选择建议。
如果供应商愿意且能够配合开具红字发票，红冲方案在增值税上更简洁——进项转出39万元，不涉及新的销项计算，且折旧的已扣除部分在实务中通常不被追溯。如果供应商不愿意走红冲，或者双方希望以“当前公允价值”重新定价，则走资产处置，按13%开票，账务通过固定资产清理处理。无论选哪条，不要在同一笔资金流上同时做“退款”和“销售”两种定性，合同、发票、付款备注和账务处理必须指向同一条路径。概括来说：红冲是撤销原交易，进项在当期转出、不追溯2020年申报表，折旧已扣除部分原则上不追溯；资产处置是重新销售，按13%计算销项，走固定资产清理；两条路径的税负差异取决于回售价与原进项的对比，选择前应先确认供应商对“红冲”的配合意愿和回售定价。