这个问题的判断顺序应当是：先看公司销售的自产农产品是否属于增值税免税项目，再看厂房、设备是“专用于免税”还是“兼用于应税和免税”，最后看购进标的属于固定资产、不动产，还是普通货物、服务。原始回答中“只用于免税不能抵、小规模不能抵”是对的，但“同时有一般计税业务就全额抵扣”和追问中“兼用按比例划分”需要纠正：厂房、设备作为固定资产或不动产，兼用于免税项目时，进项可以全额抵扣，不按比例划分；按比例划分适用于除固定资产、无形资产、不动产以外的货物和服务。
一、自产农产品免税，决定了厂房设备的用途性质。
农业生产者销售自产农产品免征增值税，这是增值税免税项目。农业公司租地建设厂房、购置设备，如果这些资产专门用于种植、养殖自产农产品并对外销售，那么它们服务的是免税项目。按照增值税规则，用于免征增值税项目的购进货物、服务、无形资产和不动产，进项税额不得从销项税额中抵扣。此时，厂房建筑服务、设备、设计、监理等专票上的进项，即使认证了，也应做进项税额转出或直接计入资产成本。公司另有应税业务，并不自动改变某一项资产的用途；如果某台设备、某栋厂房只服务于免税农产品，即使公司整体还有应税收入，该项资产对应的进项仍然不能抵扣。
二、专用于免税与兼用于免税，处理结果不同。
如果厂房、设备专用于免税自产农产品，进项不得抵扣。如果厂房、设备既用于免税自产农产品，又用于应税业务，例如对外提供加工服务、仓储服务、应税农产品销售等，则要看资产类别。固定资产、无形资产和不动产兼用于免税项目的，进项税额准予全额抵扣，不需要按免税销售额比例转出。厂房属于不动产，机器设备通常属于固定资产，只要不是专用于免税项目，就可以全额抵扣。追问中“兼用按比例划分”的说法，对厂房、设备并不准确；按比例划分的是除固定资产、无形资产、不动产以外的购进货物、服务，例如种子、化肥、农药、运输服务、租地租金等，如果既用于免税又用于应税，才需要按销售额比例或其他合理方法划分。
三、租地租金、建筑服务和设备要分开看。
租入土地的租金属于租赁服务，如果该土地专用于免税自产农产品，对应进项不得抵扣；如果土地兼用于免税和应税业务，作为服务类购进，通常需要按比例划分，不能直接全额抵扣。建筑服务用于构建厂房，最终形成不动产，按不动产的兼用规则判断：专用于免税不得抵，兼用于应税和免税可全额抵扣。设备作为固定资产，判断逻辑相同。因此，不能把“租地”“建厂房”“买设备”三笔进项笼统地用一个结论处理，应当分别核对合同、发票和实际用途。
四、小规模纳税人和凭证要求。
小规模纳税人适用简易计税，不进入进项抵扣链条，即使取得专票也不能抵扣，价税合计计入资产成本或费用。一般纳税人要抵扣，必须取得合规的增值税专用发票，且发票内容与实际购进一致；用于集体福利、个人消费的厂房设备，同样不得抵扣。兼用于免税和应税的固定资产、不动产，建议建立用途台账，记录资产服务对象、使用部门、收入归属，以备核查时说明“兼用”而非“专用”。
概括来说：自产农产品免税，厂房设备专用于免税项目的进项不得抵扣；厂房作为不动产、设备作为固定资产，兼用于应税和免税业务时可以全额抵扣，不按比例划分；租地租金等服务类购进兼用的才按比例划分；小规模纳税人不能抵扣；关键不是公司有没有应税业务，而是具体资产是否专用于免税，以及购进标的是固定资产、不动产还是普通货物服务。