这个问题要拆成四个口径来看：成交方式决定合同价格结构，报关单决定海关统计和退税换算，银行收汇只看合同总金额，退税申报只认FOB价。四者不能互相替代，银行说“运费含在成本里”，并不等于报关单可以不列运费，也不等于退税可以按含运费总额申报。
一、先看成交方式，合同价格结构随之不同。
FOB成交时，国际运费和保险费由买方承担，合同通常只列货值，运费不进入合同总价；如果卖方替买方代垫运费，应在合同中单独写明“代垫运费”，不能把代垫款混进货值。CFR成交时，合同总价等于货值加国际运费，运费已经包含在总价内，但合同仍应分行列明货值和运费。CIF成交时，合同总价等于货值加运费加保费，合同应分列货值、国际运费、保险费三项。最稳妥的写法不是只写一个总价，而是在总价之下把货值、运费、保费拆开列示，这样发票、报关单和退税申报才能相互对应。如果合同只写“总价含运费”而不拆分，后续报关单运费栏、退税FOB换算都容易产生争议。
二、报关单：总价填成交总价，运费、保费按成交方式单列。
报关单的“总价”栏填合同成交总价，不是FOB价。CFR下总价含运费，运费栏单独填报该运费；CIF下总价含运保费，运费栏和保费栏分别填报；FOB下总价本身不含国际运保费，运费栏通常不填，除非有代垫等特殊情形需要说明。海关和退税系统会用“成交总价减运费减保费”折算FOB价，所以运费、保费必须在报关单上体现，不能因为银行收汇是全额就到报关单上把运费并进货值不列。报关单成交方式、总价、运费、保费与合同、发票保持一致，是后续退税审核的基础。
三、银行收汇：按合同总金额入账，不改变退税口径。
首次收汇时，银行看到的是合同或发票上的成交总金额。CIF合同下客户把含运保费的总额汇进来，银行按全额入账，这是正常的收汇行为，不代表运费要并进货值、也不代表退税按含运费金额计算。银行关注的是交易真实性和收汇金额与合同是否匹配，退税关注的是出口货物FOB价，两者是不同管理体系。收汇全额入账没有问题，但报关单和退税申报仍要按成交方式拆分运保费。
四、退税申报：按FOB价，不是按收汇金额或合同总价。
出口退税明细中的出口销售额按FOB价填报。CFR或CIF报关单的，系统按总价减运费、保费折算FOB；企业申报时应核对折算结果与报关单统计一致。合同总价、收汇金额、会计收入都可能包含运保费，但退税基数只认FOB，不能直接用CIF总价乘退税率。会计上按合同总价确认收入、运费计入销售费用或合同履约成本的，与退税按FOB申报并不矛盾，但账务口径和退税口径要在备查资料中说明清楚。
五、实操上把单证做成一条线。
合同分列货值、运费、保费；发票总额与合同一致并列明分项；报关单成交方式、总价、运费、保费与合同对应；收汇水单金额与合同总价对应；退税申报按FOB，留存折算说明。概括来说：FOB合同只列货值，CFR合同列货值加运费，CIF合同列货值加运费加保费；报关单总价填成交总价、运保费单列；银行按合同总额收汇不影响退税；退税只按FOB申报，不能用含运费总额计算。