一、水电燃气发票：先看合同约定和实际结算方式，再看发票怎么开。
如果租赁合同约定水电燃气由B公司自行承担、A公司只是代收代付，且供水供电供气单位直接将发票开给B公司，那么A公司不需要向B公司开具水电燃气发票，只做往来代收代付即可。如果合同约定由A公司统一向供水供电供气单位缴费，再按实际用量向B公司收取，那么A公司实质上是在转售水电燃气，应当向B公司开具对应发票：电费按销售货物适用13%（一般纳税人），水费按9%或简易计税3%，燃气费按适用税率；小规模纳税人按征收率。此时A公司从供水供电供气单位取得的进项发票可以正常抵扣（用于应税转售部分），向B公司开票确认销项。
租金发票未开，不影响水电燃气发票的开具时点。水电燃气是独立的货物销售或代收关系，纳税义务发生时间取决于收款、开票或合同约定，与租金是否开票无关。但要注意：如果A公司把水电燃气费并入租金一并收取、合同也未拆分，那么税务机关可能认为这部分属于租金价外费用，应随租金按不动产租赁9%或5%开票，而不是按水电燃气税率开票。因此，能否先开、按什么品目开，关键看合同是否把租金和水电燃气分开约定、结算是否单独计量。
二、免收租金只收水电费：税务上不是“免租”两个字就能解决。
房产出租收取租金，涉及增值税、房产税、企业所得税和印花税。如果A公司对B公司免收租金，但B公司实际使用厂房，税务机关有权按公允价值核定租金收入，要求A公司补缴增值税、房产税和企业所得税。房产税方面，自用房产按房产原值计征，出租房产按租金收入计征；免租期间若被认定为无租使用，可能按房产余值从价计征，或者按核定租金从租计征，具体看当地口径。增值税上，无偿提供租赁服务可能被视同销售，按公允价值核定销售额。企业所得税上，关联方之间的免租安排若不符合独立交易原则，税务机关可以调整。
因此，“免费收租、只开水电票”在关联方之间尤其容易被关注：B公司取得了水电费发票可以抵扣或扣除，A公司却未确认租金收入，双方税负不对等，容易触发核定。如果A、B是关联方，还应准备合理的商业目的说明，例如厂房闲置、扶持子公司等，但即便如此，也不能完全排除核定风险。
三、更稳妥的处理路径。
第一，租赁合同应明确租金金额、水电燃气是否包含在租金内、计量方式和结算周期；租金和水电燃气分开约定、分开计量的，分别按不动产租赁和货物销售开票。第二，租金发票应按合同约定及时开具，避免长期“只收水电、不开租金”，形成收入确认与开票脱节。第三，如果确实存在免租期，应在合同中写明免租期间和理由，并关注当地对免租期房产税、增值税视同销售的具体口径，必要时提前与主管税务机关沟通。第四，关联方之间的租赁安排应留存定价依据、市场租金对比和董事会决议，证明不是纯粹为了转移利润或避税。概括来说：水电燃气发票能否先开，看合同是代收代付还是转售，与租金发票开没开无关；转售的按货物税率开票并确认销项，代收代付的不开票只走往来；免收租金只收水电费，税务上可能被按公允价值核定租金，关联方之间风险更高；稳妥做法是合同分项约定、租金及时开票、免租期留好依据并提前确认当地口径。