第一，先判断差异性质，这是处理的前提。 常见情形有四类：一是发票开错，合同价130元是真实成交价，供应商误开成160元；二是合同已变更但未留书面痕迹，双方口头或实际按160元结算，合同文本未更新；三是含税与不含税口径混用，合同写的是不含税价，发票价是含税价，换算后其实一致；四是折扣、折让、数量或规格差异导致单价看起来不同。不同原因对应完全不同的处理路径，不能一概而论。
第二，发票开错的，应红冲重开，不能将错就错。 如果真实交易价是合同约定的130元，发票单价160元属于开票有误，受票方应要求供应商开具红字发票冲销原票，再按130元重新开具。若原发票已认证抵扣，受票方需先做进项税额转出，再凭红字信息表完成红冲。会计上不能按160元入账后把多出的30元长期挂账，否则存货成本、应付账款和进项税三者都会失真。企业所得税前扣除以真实、合规凭证为基础，发票金额与合同、付款不一致且无合理解释的，相关成本可能被纳税调增。
第三，合同真实变更的，补书面协议，按变更后价格开票。 如果双方实际已协商按160元结算，只是合同未更新，应补签补充协议或价格确认单，写明变更原因、生效时间和结算单价，使合同、发票、付款三者口径一致。此时发票160元是真实交易价格，按160元入账和抵扣即可；但补充协议不能倒签成与原始事实不符的日期，应如实反映变更过程。没有书面变更、只有发票单方写高价，仍会被质疑交易真实性。
第四，含税与不含税口径差异的，做换算而不是改票。 合同约定不含税单价130元、增值税税率13%，含税价即为146.9元；如果发票单价160元，换算后并不等于146.9元，说明不是单纯口径问题，仍需回到前两类处理。若合同写的是含税价，发票价税合计与合同一致，只是单价栏显示不同，应核对价税合计和税额，不能只看单价数字。
第五，账务和税务处理要围绕“实际应付”展开。 会计入账按真实交易价格和合规凭证确认存货或成本，不能为了凑发票金额而虚增资产。付款时按合同和结算单支付，若已按发票多付，应挂“预付账款”或“其他应收款”向供应商追回，而不是计入费用。增值税进项抵扣以合法专票为前提，但业务真实性是底线；企业所得税扣除要求合同、发票、付款、入库单相互印证。差异未解决前，建议暂缓认证抵扣和成本结转，待发票重开或协议补正后再处理。
小结：合同价与发票价不一致，先查原因，再定路径——开错就红冲重开，变更就补协议，口径不同就换算；不能简单“以发票为准”，也不能长期让合同、发票、付款三张皮。