第一，填报的基本原则：应税填应税栏，免税填免税栏，不能混填。 小规模纳税人申报表中，“应征增值税不含税销售额”和“免税销售额”是两个独立栏次。应税部分（适用3%或1%征收率的销售）填入应税栏，免税部分（如销售自产农产品、符合免税条件的服务等）填入免税栏。即使两者合计超过起征点，应税部分仍然填应税栏，不能因为合计超线就把应税部分挪到免税栏去“蹭免税”。免税栏只放本来就符合免税条件的销售额，不是放“想免税”的销售额。
第二，合计超过起征点后，免税部分是否还能免，要看免税性质。 这里需要区分两类免税。政策性或法定免税（如自产农产品销售、避孕药品用具、符合条件的技术转让等），只要业务本身符合免税条件，不受起征点影响，仍然填免税栏、享受免税。起征点免税（即小规模纳税人季度销售额未超过30万元而享受的免征），则是以“合计销售额未超线”为前提的；一旦合计超过起征点，这部分原本靠起征点免税的销售额就不再免税，应并入应税销售额按征收率计算缴纳。用户描述“免税和应税合计超了30万”，如果其中的“免税”指的是起征点免税，那么超线后它不能再留在免税栏，应调整到应税栏；如果“免税”指的是法定免税项目，则继续留在免税栏，与应税部分分开填报。判断的关键是：这笔“免税”是本身法定免税，还是因为没超线才免。
第三，系统提示“未达起征点”与实际合计不符，常见原因是系统判断口径与合计口径不同。 第一种可能：申报系统对“起征点”的判断，可能扣除了销售不动产的销售额。小规模纳税人销售不动产的销售额，在判断是否享受小微企业免税时，是按扣除后的销售额计算的；如果合计38万中有相当部分来自不动产销售，系统扣除后判断“未达起征点”，就会出现提示与直觉不符。第二种可能：系统比对的是差额征税后的销售额，而用户看的是开票或收款总额。第三种可能：系统提示只是校验弹窗，并非最终结论，确认后仍可继续申报，最终以纳税人自行合并计算的合计销售额为准。因此，遇到提示不要直接按提示改栏次，而应先核对：合计销售额的计算口径是否与系统一致，是否有不动产销售、差额征税等特殊项目。
第四，正确填报的操作顺序。 第一步，把本期全部销售额按“法定免税”“起征点免税”“应税”三类分开，法定免税单独列示；第二步，计算剔除不动产等特殊项目后的合计销售额，判断是否超过起征点；第三步，超过起征点的，起征点免税部分转入应税栏，法定免税部分保留在免税栏；第四步，应税栏按适用征收率计算应纳税额，免税栏只填法定免税金额；第五步，系统提示与自行计算结果不一致的，以自行合并计算为准，保留计算底稿备查，必要时到办税服务厅前台确认。如果确实存在不动产销售导致系统判断口径不同，应在申报表中相应栏次如实填列不动产销售额，让系统按规则重新计算，而不是为了消除提示去改销售额。
小结：应税填应税栏、免税填免税栏是底线；合计超线后，起征点免税部分不再免、应转入应税，法定免税部分不受影响；系统提示“未达起征点”多半是判断口径扣除了不动产或差额项目，先核口径再填报，不以弹窗提示替代自行计算。